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Bioinformatique

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Présentation

La maîtrise des technologies à haut débit constitue un enjeu capital pour la recherche biomédicale. Les volumes de données générés par ces techniques constituent de nouveaux challenges en terme d'analyse et de stockage. Le traitement de cette information complexe est nécessairement multidisciplinaire : mathématiques, statistique, informatique biologique.

 

La plate-forme BIP-D a été mise en place à l'initiative de l’Université Paris-Descartes et de ses partenaires pour réunir ces compétences au sein d'une structure performante capable de prendre en charge la gestion et l'analyse des données massives des projets de génomique et de transcriptomique, en particulier ceux utilisant les techniques de séquençage de nouvelle génération.

Personnel

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Patrick Nitschké

Responsable, IR, Paris Université

patrick.nitschke@inserm.fr

Nicolas Cagnard
Frédéric Tores
Cécile Fourrage
Cécile Masson

IE, Paris Université

cecile.masson@inserm.fr

Emmanuelle Ollivier
Jean-Philippe Jais

Référent scientifique​

jean-philippe.jais@nck.aphp.fr

Margot Tragin
Fabienne Jabot-Hanin

IR, Paris Université

fabienne.hanin@parisdescartes.fr

Jean-Marc Plaza
Sylvain Hanein
Marc Bras

Localisation 

Institut Imagine

24, Boulevard du Montparnasse 75015 PARIS

2ème étage, Bureaux : 240 / 238 / 236

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Equipements

  • Cluster HP : 320 cores CPU/4TB RAM

  • Serveur d’application : 40 cores et 512 Gb RAM

  • Parallel Cluster File System Beegfs 50 To

  • Disques de stockage (Isilon) 1,8P
     

Prestations

Analyse NGS

La plateforme de bioinformatique met à la disposition des scientifiques (chercheurs et médecins) de l’institut Imagine une suite logicielle complète leur permettant de gérer, analyser et visualiser les données de reséquençage (panels de gènes, exomes ou génomes complets).

 

Cette suite logicielle nommée Polyweb comprend :

  • un pipeline d’analyse (Polypipeline) qui repose sur les logiciels et bases de données publics les plus pertinents pour réaliser

  • ’alignement des séquences, l’appel des variants et leur annotation

  • équence fonctionnelle, fréquence, phénotype associé...).

  • une base de données développée par la plateforme (PolyProject) pour le suivi des échantillons.

  • et deux interfaces graphiques, PolyQuery et PolyDiag pour l’aide à interprétation et la visualisation des résultats.

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Transcriptomique:

Notre équipe soutient également différents types d'études «-Seq», fournissant une expertise dans des méthodes telles que ChIP-Seq ou RNA-Seq.

 

Plus largement, des projets basés sur des matrices (transcriptomique), des tableaux SNP et des études fonctionnelles (enrichissement et analyses de voies) sont également gérés par la plateforme. 

 

Nous prenons en charge vos projets d’analyse depuis la quantification jusqu’aux analyses statistiques. Nous disposons d’une licence Ingenuity que nous mettons à dispositions des chercheurs sur un poste client pour vous aider dans l’interprétation biologique de vos résultats. Un ingénieur de la plateforme est également disponible pour vous former sur Ingenuity. Nous pouvons de plus vous aider dans la mise en ligne de vos données sur les “repository” publiques.

Analyses statistiques:

Enfin, nous effectuons des analyses génétiques statistiques de groupes de patients, communément appelés «Burden tests».

Publications

1. Inborn errors of type I IFN immunity in patients with life-threatening COVID-19.

Zhang Q, Bastard P, Liu Z, Le Pen J, Moncada-Velez M, Chen J, Ogishi M, Sabli IKD, Hodeib S, Korol C, Rosain J, Bilguvar K, Ye J, Bolze A, Bigio B, Yang R, Arias AA, Zhou Q, Zhang Y, Onodi F, Korniotis S, Karpf L, Philippot Q, Chbihi M, Bonnet-Madin L, Dorgham K, Smith N, Schneider WM, Razooky BS, Hoffmann HH, Michailidis E, Moens L, Han JE, Lorenzo L, Bizien L, Meade P, Neehus AL, Ugurbil AC, Corneau A, Kerner G, Zhang P, Rapaport F, Seeleuthner Y, Manry J, Masson C, Schmitt Y, Schlüter A, Le Voyer T, Khan T, Li J, Fellay J, Roussel L, Shahrooei M, Alosaimi MF, Mansouri D, Al-Saud H, Al-Mulla F, Almourfi F, Al-Muhsen SZ, Alsohime F, Al Turki S, Hasanato R, van de Beek D, Biondi A, Bettini LR, D'Angio' M, Bonfanti P, Imberti L, Sottini A, Paghera S, Quiros-Roldan E, Rossi C, Oler AJ, Tompkins MF, Alba C, Vandernoot I, Goffard JC, Smits G, Migeotte I, Haerynck F, Soler-Palacin P, Martin-Nalda A, Colobran R, Morange PE, Keles S, Çölkesen F, Ozcelik T, Yasar KK, Senoglu S, Karabela ŞN, Rodríguez-Gallego C, Novelli G, Hraiech S, Tandjaoui-Lambiotte Y, Duval X, Laouénan C; COVID-STORM Clinicians; COVID Clinicians; Imagine COVID Group; French COVID Cohort Study Group; CoV-Contact Cohort; Amsterdam UMC Covid-19 Biobank; COVID Human Genetic Effort; NIAID-USUHS/TAGC COVID Immunity Group, Snow AL, Dalgard CL, Milner JD, Vinh DC, Mogensen TH, Marr N, Spaan AN, Boisson B, Boisson-Dupuis S, Bustamante J, Puel A, Ciancanelli MJ, Meyts I, Maniatis T, Soumelis V, Amara A, Nussenzweig M, García-Sastre A, Krammer F, Pujol A, Duffy D, Lifton RP, Zhang SY, Gorochov G, Béziat V, Jouanguy E, Sancho-Shimizu V, Rice CM, Abel L, Notarangelo LD, Cobat A, Su HC, Casanova JL.  Imagine COVID Group : Christine Bole-Feysot, Stanislas Lyonnet*, Cécile Masson, Patrick Nitschke, Aurore Pouliet, Yoann Schmitt, Frederic Tores, Mohammed Zarhrate

Imagine Institute, Université de Paris, INSERM UMR 1163, Paris, France.

Science. 2020 Oct 23;370 (6515):eabd4570. doi: 10.1126/science.abd4570. PMID: 32972995

2. Autoantibodies against type I IFNs in patients with life-threatening COVID-19.

Bastard P, Rosen LB, Zhang Q, Michailidis E, Hoffmann HH, Zhang Y, Dorgham K, Philippot Q, Rosain J, Béziat V, Manry J, Shaw E, Haljasmägi L, Peterson P, Lorenzo L, Bizien L, Trouillet-Assant S, Dobbs K, de Jesus AA, Belot A, Kallaste A, Catherinot E, Tandjaoui-Lambiotte Y, Le Pen J, Kerner G, Bigio B, Seeleuthner Y, Yang R, Bolze A, Spaan AN, Delmonte OM, Abers MS, Aiuti A, Casari G, Lampasona V, Piemonti L, Ciceri F, Bilguvar K, Lifton RP, Vasse M, Smadja DM, Migaud M, Hadjadj J, Terrier B, Duffy D, Quintana-Murci L, van de Beek D, Roussel L, Vinh DC, Tangye SG, Haerynck F, Dalmau D, Martinez-Picado J, Brodin P, Nussenzweig MC, Boisson-Dupuis S, Rodríguez-Gallego C, Vogt G, Mogensen TH, Oler AJ, Gu J, Burbelo PD, Cohen JI, Biondi A, Bettini LR, D'Angio M, Bonfanti P, Rossignol P, Mayaux J, Rieux-Laucat F, Husebye ES, Fusco F, Ursini MV, Imberti L, Sottini A, Paghera S, Quiros-Roldan E, Rossi C, Castagnoli R, Montagna D, Licari A, Marseglia GL, Duval X, Ghosn J; HGID Lab; NIAID-USUHS Immune Response to COVID Group; COVID Clinicians; COVID-STORM Clinicians; Imagine COVID Group; French COVID Cohort Study Group; Milieu Intérieur Consortium; CoV-Contact Cohort; Amsterdam UMC Covid-19 Biobank; COVID Human Genetic Effort, Tsang JS, Goldbach-Mansky R, Kisand K, Lionakis MS, Puel A, Zhang SY, Holland SM, Gorochov G, Jouanguy E, Rice CM, Cobat A, Notarangelo LD, Abel L, Su HC, Casanova JL.

Imagine COVID Group : Christine Bole-Feysot, Stanislas Lyonnet*, Cécile Masson, Patrick Nitschke, Aurore Pouliet, Yoann Schmitt, Frederic Tores, Mohammed Zarhrate Imagine Institute, Université de Paris, INSERM UMR 1163, Paris, France.

Science. 2020 Oct 23;370(6515):eabd4585. doi: 10.1126/science.abd4585. PMID: 32972996.

 

3. Bi-allelic Variations of SMO in Humans Cause a Broad Spectrum of Developmental Anomalies Due to Abnormal Hedgehog Signaling.

Le TL, Sribudiani Y, Dong X, Huber C, Kois C, Baujat G, Gordon CT, Mayne V, Galmiche L, Serre V, Goudin N, Zarhrate M, Bole-Feysot C, Masson C, Nitschké P, Verheijen FW, Pais L, Pelet A, Sadedin S, Pugh JA, Shur N, White SM, El Chehadeh S, Christodoulou J, Cormier-Daire V, Hofstra RMW, Lyonnet S, Tan TY, Attié-Bitach T, Kerstjens-Frederikse WS, Amiel J, Thomas S. Am J Hum Genet. 2020 Jun 4;106(6):779-792. doi: 10.1016/j.ajhg.2020.04.010.  PMID: 32413283

4. Tumor invasion in draining lymph nodes is associated with Treg accumulation in breast cancer patients.

Núñez NG, Tosello Boari J, Ramos RN, Richer W, Cagnard N, Anderfuhren CD, Niborski LL, Bigot J, Meseure D, De La Rochere P, Milder M, Viel S, Loirat D, Pérol L, Vincent-Salomon A, Sastre-Garau X, Burkhard B, Sedlik C, Lantz O, Amigorena S, Piaggio E.

Nat Commun. 2020 Jun 29;11(1):3272. doi: 10.1038/s41467-020-17046-2. PMID: 32601304

 

5. Early-onset autoimmunity associated with SOCS1 haploinsufficiency.

Hadjadj J, Castro CN, Tusseau M, Stolzenberg MC, Mazerolles F, Aladjidi N, Armstrong M, Ashrafian H, Cutcutache I, Ebetsberger-Dachs G, Elliott KS, Durieu I, Fabien N, Fusaro M, Heeg M, Schmitt Y, Bras M, Knight JC, Lega JC, Lesca G, Mathieu AL, Moreews M, Moreira B, Nosbaum A, Page M, Picard C, Ronan Leahy T, Rouvet I, Ryan E, Sanlaville D, Schwarz K, Skelton A, Viallard JF, Viel S, Villard M, Callebaut I, Picard C, Walzer T, Ehl S, Fischer A, Neven B, Belot A, Rieux-Laucat F.

Nat Commun. 2020 Oct 21;11(1):5341. doi: 10.1038/s41467-020-18925-4. PMID: 33087723

 

6. Clonal tracking in gene therapy patients reveals a diversity of human hematopoietic differentiation programs.

Six E, Guilloux A, Denis A, Lecoules A, Magnani A, Vilette R, Male F, Cagnard N, Delville M, Magrin E, Caccavelli L, Roudaut C, Plantier C, Sobrino S, Gregg J, Nobles CL, Everett JK, Hacein-Bey-Abina S, Galy A, Fischer A, Thrasher AJ, André I, Cavazzana M, Bushman FD.

Blood. 2020 Apr 9;135(15):1219-1231. doi: 10.1182/blood.2019002350. PMID: 32040546

 

7. Human C-terminal CUBN variants associate with chronic proteinuria and normal renal function.

Bedin M, Boyer O, Servais A, Li Y, Villoing-Gaudé L, Tête MJ, Cambier A, Hogan J, Baudouin V, Krid S, Bensman A, Lammens F, Louillet F, Ranchin B, Vigneau C, Bouteau I, Isnard-Bagnis C, Mache CJ, Schäfer T, Pape L, Gödel M, Huber TB, Benz M, Klaus G, Hansen M, Latta K, Gribouval O, Morinière V, Tournant C, Grohmann M, Kuhn E, Wagner T, Bole-Feysot C, Jabot-Hanin F, Nitschké P, Ahluwalia TS, Köttgen A, Andersen CBF, Bergmann C, Antignac C,Simons M

J Clin Invest. 2020 Jan 2;130(1):335-344. doi: 10.1172/JCI129937. PMID: 31613795

 

8.      Improving the diagnostic efficiency of primary immunodeficiencies with targeted next-generation sequencing

Fusaro M, Rosain J, Grandin V, Lambert N, Hanein S, Fourrage C, Renaud N, Gil M, Chevalier S, Chahla WA, Bader-Meunier B, Barlogis V, Blanche S, Boutboul D, Castelle M, Comont T, Diana JS, Fieschi C, Galicier L, Hermine O, Lefèvre-Utile A, Malphettes M, Merlin E, Oksenhendler E, Pasquet M, Suarez F, André I, Béziat V, De Saint Basile G, De Villartay JP, Kracker S, Lagresle-Peyrou C, Latour S, Rieux-Laucat F, Mahlaoui N, Bole C, Nitschke P, Hulier-Ammar E, Fischer A, Moshous D, Neven B, Alcais A, Vogt G, Bustamante J, Picard C.. Allergy Clin Immunol. 2020 Jun 10:S0091-6749(20)30816-2.

 

9. Gene Mutations in a Large Cohort of Predominantly Caucasian Patients with Hidradenitis Suppurativa. Low Prevalence of GSC.

Duchatelet S, Miskinyte S, Delage M, Ungeheuer MN, Lam T, Benhadou F, Del Marmol V, Vossen ARJV, Prens EP, Cogrel O, Beylot-Barry M, Girard C, Vidil J, Join-Lambert O, Parisot M, Nitschké P, Hanein S, Fraitag S, Van der Zee HH, Bessis D, Damiani G, Altomare A, Liao YH, Nikolakis G, Zouboulis CC, Nassif A, Hovnanian A. J Invest Dermatol. 2020 Oct;140(10):2085-2088.e14.

 

10. A novel pathogenic variant in DYNC1H1 causes various upper and lower motor neuron anomalies.

Viollet LM, Swoboda KJ, Mao R, Best H, Ha Y, Toutain A, Guyant-Marechal L, Laroche-Raynaud C, Ghorab K, Barthez MA, Pedespan JM, Hernandorena X, Lia AS, Deleuze JF, Masson C, Nelson I, Nectoux J, Si Y.

Eur J Med Genet. 2020 Dec;63(12):104063. doi: 10.1016/j.ejmg.2020.104063. Epub 2020 Sep 16. PMID: 32947049

              

11. Fetal megacystis-microcolon: Genetic mutational spectrum and identification of PDCL3 as a novel candidate gene.

Billon C, Molin A, Poirsier C, Clemenson A, Dauge C, Grelet M, Sigaudy S, Patrier S, Goldenberg A, Layet V, Tantau J, Fleury C, Liard A, Diguet A, Fritih R, Verspyck E, Rendu J, Boutaud L, Tessier A, Thomas S, Razavi F, Achaiaa A, Elkhartoufi N, Hakkakian L, Magnin E, Bôle-Feysot C, Masson C, Ville Y, Roth P, Prieur F, Bessieres B, Bonniere M, Attie-Bitach T.

Clin Genet. 2020 Sep;98(3):261-273. doi: 10.1111/cge.13801. PMID: 32621347

 

12.  Editing a γ-globin repressor binding site restores fetal hemoglobin synthesis and corrects the sickle cell disease phenotype.

Weber L, Frati G, Felix T, Hardouin G, Casini A, Wollenschlaeger C, Meneghini V, Masson C, De Cian A, Chalumeau A, Mavilio F, Amendola M, Andre-Schmutz I, Cereseto A, El Nemer W, Concordet JP, Giovannangeli C, Cavazzana M, Miccio A.

Sci Adv. 2020 Feb 12;6(7):eaay9392. doi: 10.1126/sciadv.aay9392. PMID: 32917636 

 

13.  Somatic reversion of pathogenic DOCK8 variants alters lymphocyte differentiation and function to effectively cure DOCK8 deficiency.

Pillay BA, Fusaro M, Gray PE, Statham AL, Burnett L, Bezrodnik L, Kane A, Tong WWY, Abdo C, Winter S, Chevalier S, Levy R, Masson C, Schmitt Y, Bole-Feysot C, Malphettes M, Macintyre E, de Villartay JP, Ziegler JB, Smart JM, Peake J, Aghamohammadi A, Hammarström L, Abolhassani H, Picard C, Fischer A, Latour S, Neven B, Tangye S, Ma CS.

J Clin Invest. 2020 Dec 8:142434. doi: 10.1172/JCI142434. PMID: 33290277

              

14. From Dysgammaglobulinemia to Autosomal-Dominant Activation-Induced Cytidine Deaminase Deficiency: Unraveling an Inherited Immunodeficiency after 50 Years.

Fadlallah J, Chentout L, Boisson B, Pouliet A, Masson C, Morin F, Durandy A, Casanova JL, Oksenhendler E, Kracker S.

J Pediatr. 2020 Aug;223:207-211.e1. doi: 10.1016/j.jpeds.2020.03.024. PMID: 32423680

 

15. High Diagnostic Yield of Targeted Next-Generation Sequencing in a Cohort of Patients with Congenital Hypothyroidism Due to Dyshormonogenesis

Athanasia STOUPA, Ghada Al Hage Chehade, Rim Chaabane, Dulanjalee Kariyawasam, Gabor Szinnai, Sylvain Hanein, Christine Bole-Feysot, Cecile Fourrage, Patrick Nitschke, Caroline Thalassinos, Graziella Pinto, Mouna Mnif, Sabine Baron, Marc De Kerdanet, Rachel Reynaud, Pascal Barat, Mongia Hachicha, Neila Belguith, Michel Polak, Aurore CARRE

Frontiers in Endocrinology, section Thyroid Endocrinology  | doi: 10.3389/fendo.2020.545339

 

16. Loss-of-Function Mutations in NR4A2 Cause Dopa-Responsive Dystonia Parkinsonism.

Wirth T, Mariani LL, Bergant G, Baulac M, Habert MO, Drouot N, Ollivier E, Hodžić A, Rudolf G, Nitschke P, Rudolf G, Chelly J, Tranchant C, Anheim M, Roze E.

Mov Disord. 2020 May;35(5):880-885. doi: 10.1002/mds.27982. Epub 2020 Jan 10. PMID: 31922365

 

17.  Increased diagnostic yield in complex dystonia through exome sequencing.

Wirth T, Tranchant C, Drouot N, Keren B, Mignot C, Cif L, Lefaucheur R, Lion-François L, Méneret A, Gras D, Roze E, Laroche C, Burbaud P, Bannier S, Lagha-Boukbiza O, Spitz MA, Laugel V, Bereau M, Ollivier E, Nitschke P, Doummar D, Rudolf G, Anheim M, Chelly

J. Parkinsonism Relat Disord. 2020 May;74:50-56. doi: 10.1016/j.parkreldis.2020.04.003. Epub 2020 Apr 20. PMID: 32334381

 

18. NHP2 deficiency impairs rRNA biogenesis and causes pulmonary fibrosis and Høyeraal-Hreidarsson syndrome.

Benyelles M, O'Donohue MF, Kermasson L, Lainey E, Borie R, Lagresle-Peyrou C, Nunes H, Cazelles C, Fourrage C, Ollivier E, Marcais A, Gamez AS, Morice-Picard F, Caillaud D, Pottier N, Ménard C, Ba I, Fernandes A, Crestani B, de Villartay JP, Gleizes PE, Callebaut I, Kannengiesser C, Revy P.

Hum Mol Genet. 2020 Apr 15;29(6):907-922. doi: 10.1093/hmg/ddaa011. PMID: 31985013

 

19. MeCP2 is involved in random mono-allelic expression for a subset of human autosomal genes.

Brousseau M, Nectoux J, Saintpierre B, Lebrun N, Cagnard N, Izac B, Ollivier E, Letourneur F, Bienvenu T. Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis. 2020 Jun 1;1866(6):165730. doi: 10.1016/j.bbadis.2020.165730. PMID: 32070770

 

20.  Unique inflammatory signature in haemophilic arthropathy: miRNA changes due to interaction between blood and fibroblast-like synoviocytes.

Mignot S, Cagnard N, Albaud B, Bally C, Siavellis J, Hermine O, Frenzel L.

J Cell Mol Med. 2020 Nov 7;24(24):14453-66. doi: 10.1111/jcmm.16068. PMID: 33159500

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