CYTOMÉTRIE
La plateforme de cytométrie met à la disposition de la communauté scientifique
des cytomètres analyseurs et trieurs de dernière génération. Elle propose également l'expertise de son personnel pour :
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L’élaboration de protocoles expérimentaux et le développement de nouvelles applications en cytométrie
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La conception de panels multi-couleurs et l’analyse des données cytométriques
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La formation des utilisateurs à la cytométrie conventionnelle et spectrale,
à l’utilisation des cytomètres, ainsi qu’à l’analyse des données
(supervisée ou non supervisée)
La plateforme de cytométrie est ouverte à tous les instituts de recherche
et aux sociétés privées.
La technique de cytométrie de flux permet l’analyse multi-paramétrique rapide
de cellules individualisées en suspension au sein d’un échantillon qui peut être constitué
de populations cellulaires différentes, voire extrêmement rares. Les cytomètres trieurs
sont capables d’isoler des sous-populations cellulaires spécifiques, ou de déposer
une cellule unique dans chacun des puits de plaques 96 ou 384 puits pour
des applications de clonage ou d’analyse au niveau de la cellule unique.
PRESTATIONS
La plateforme de cytométrie propose les services suivants :
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Prestations assistées ou prestations non-assistées (en autonomie).
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Collaboration et accompagnement pour la mise au point expérimentale, le design
de panels multi-couleurs, ainsi que pour l’analyse des résultats et des données.
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Formation des utilisateurs à l’utilisation des cytomètres pour une autonomie complète.
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Formation et mise à disposition de logiciels d’analyse dont Diva, Sony, FlowJo, Kaluza
et OMIQ pour l’étude des données multi-couleurs en analyse non-supervisée.
APPLICATIONS EN CYTOMÉTRIE
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Phénotypage, multi-marquages membranaires et intracellulaires
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Analyse des cellules transfectées avec des systèmes rapporteurs fluorescents
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Analyse du cycle cellulaire
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Étude de la prolifération cellulaire
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Détection de l’apoptose et de la nécrose
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Analyse de l’activation cellulaire
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Dosage de cytokines et biomarqueurs
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Détection de protéines membranaires et intracellulaires
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Analyse fonctionnelle des cellules immunitaires
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Isolement et tri cellulaire (FACS)
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Sélection de populations cellulaires rares
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Préparation d’échantillons pour analyses single-cell
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Étude des cellules souches
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Applications en infectiologie et microbiologie
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Quantification et viabilité bactérienne
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Analyse des vésicules extracellulaires et exosomes
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Études multi-paramétriques haute dimension
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Gestion et analyse de l’auto-fluorescence des tissus
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Analyse bio-informatique avancée (UMAP, t-SNE, clustering)
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Analyse morphologique des cellules en temps réel
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Validation visuelle des événements cellulaires
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Distinction cellules/débris et exclusion des doublets
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Étude des interactions cellule-cellule
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Étude des interactions cellule-particule
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Analyse de la phagocytose et de l’endocytose
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Étude de la localisation subcellulaire des marqueurs
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Observation de l’internalisation moléculaire
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Tri cellulaire basé sur des critères morphologiques
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Contrôle qualité des échantillons biologiques
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Applications en hématologie
ÉQUIPEMENT
La plateforme dispose de 3 cytomètres trieurs confinés sous PSMII
et de 2 cytomètres analyseurs.
2 cytomètres trieurs sont utilisables en mode « tri infectieux » pour les échantillons présentant un risque biologique de niveau 2.
Les cytomètres trieurs sont dotés d’un automate de dépôt permettant le tri et le dépôt
d’un nombre défini de cellules dans des plaques multi-puits (96 ou 384 puits),
des barrettes de micro-tubes pour PCR ou sur lames de microscope. Le tri en mode
Single-Cell permet d’isoler une cellule unique par puits ou par tube pour les applications
de clonage cellulaire, de culture monoclonale ou d’analyses single-cell.
L’option Index Sorting associe à chaque cellule triée l’ensemble de ses paramètres phénotypiques en vue d’analyses moléculaires, fonctionnelles ou transcriptomiques.
TRIEURS
Sony MA900 - tri infectieux
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4 sources d'excitation: lasers 405, 488, 561 et 638nm
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12 fluorochromes peuvent être détectés simultanément
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Buses 70, 100 et 130µm
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Vitesse de tri: 12 000 cellules / seconde
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Trieur confiné sous PSMII
BD FACS Aria Fusion
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5 sources d'excitation : lasers 355, 405, 488, 561, et 638 nm
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18 fluorochromes peuvent être détectés simultanément
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Buses 70, 85, 100 et 130µm
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Vitesse de tri: 20000 cellules / seconde
BD FACS Discover S8 - tri infectieux
Cytomètre trieur spectral avec analyse d’image
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5 sources d'excitation : lasers 349, 405, 488, 561, et 637 nm
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Buses 85, 100 et 130 µm
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Vitesse de tri : 12 000 cellules / seconde
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Nombre de fluorochromes détectés : > 40
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Détection : collecte des photons entre 350 et 860 nm
ANALYSEURS
Sony ID7000
Analyseur spectral
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5 sources d’excitation : lasers 355, 405, 488, 561, 637 et 808 nm
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> 40 fluorochromes peuvent être détectés simultanément
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Détection : collecte des photons entre 360 et 845 nm
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Echantillonneur automatique compatible avec les plaques 96
et 384 puits et des tubes de 5ml
BD LSR Fortessa SORP
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5 sources d'excitation: lasers 355, 405, 488, 561, et 639nm
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18 fluorochromes peuvent être détectés simultanément
PERSONNEL
Corinne CORDIER
Responsable - IR INSERM
Pascal CHAPPERT
Référent scientifique
Emmanuelle SIX
Référent scientifique
Jérome MÉGRET
Johanna SOUKASEUM
PUBLICATIONS
PIK3CA inhibition in models of proliferative glomerulonephritis and lupus nephritis
Junna Yamaguchi , Pierre Isnard , Noémie Robil , Pierre de la Grange , Clément Hoguin , Alain Schmitt , Aurélie Hummel , Jérôme Megret, Nicolas Goudin , Marine Luka , Mickaël M Ménager , Cécile Masson , Mohammed Zarhrate, Christine Bôle-Feysot, Michalina Janiszewska, Kornelia Polyak, Julien Dairou , Sara Baldassari , Stéphanie Baulac , Christine Broissand , Christophe Legendre , Fabiola Terzi , Guillaume Canaud
J Clin Invest. 2024 Jun 6;134(15):e176402
doi: 10.1172/JCI176402
The immunopathological landscape of human pre-TCRα deficiency:
From rare to common variants
Sobrino S., Magnani A.,Semeraro M., Martignetti L.,Cortal A., Denis A.,Couzin C., Picard C., Bustamante J., Magrin E., Joseph L., Roudaut C., Gabrion A., Soheili T., Cordier C.,
Lortholary O.,Lefrere F., Rieux–Laucat F., Casanova J. L.,Bodard S., Boddaert N., Thrasher A. J.,Touzot F., Taque S., Suarez F., Marcais A.,Guilloux A., Lagresle–Peyrou C., Galy A., Rausell A.,Blanche S., Cavazzana M., Six E.
Science. 2024 Mar;383(6686):eadh4059
doi: 10.1126/science.adh4059. Epub 2024 Mar 1
Mitochondrial dynamics and metabolic regulation control T cell fate in the thymus.
R. Elhage, M. Kelly, N. Goudin, J. Megret, A. Legrand, I. Nemazanyy, C. Patitucci,
V. Quellec, T. Wai, A. Hamaï, S. Ezine.
Front Immunol 2024 Jan 15:14:1270268
doi: 10.3389/fimmu.2023.1270268. eCollection 2023
Severe hematopoietic stem cell inflammation compromises chronic granulomatous disease gene therapy.
Sobrino S., Magnani A.,Semeraro M., Martignetti L.,Cortal A., Denis A.,Couzin C., Picard C., Bustamante J., Magrin E., Joseph L., Roudaut C., Gabrion A., Soheili T., Cordier C.,
Lortholary O.,Lefrere F., Rieux–Laucat F., Casanova J. L.,Bodard S., Boddaert N., Thrasher A. J.,Touzot F., Taque S., Suarez F., Marcais A.,Guilloux A., Lagresle–Peyrou C., Galy A.,
Rausell A.,Blanche S., Cavazzana M., Six E.
Cell Rep Med 2023 Feb 21 ;4(2):100919
doi : 10.1016/j.xcrm.2023.10091
Promitotic Action of Oenothera biennis on Senescent Human Dermal Fibroblasts.
S. Ceccacci, K. Roger, I. Metatl, C. Chhuon, K. Tighanimine, S. Fumagalli, A. De Lucia,
I. Pranke, C. Cordier, M. C. Monti and I. C. Guerrera.
Int. J. Mol. Sci. 2022, 23(23), 15153
doi : 10.3390/ijms232315153
Human anti-smallpox long-lived memory B cells are defined by dynamic interactions
in the splenic niche and long-lasting germinal center imprinting.
Chappert P, Huetz F, Espinasse MA, Chatonnet F, Pannetier L, Da Silva L, Goetz C, Mégret J, Sokal A, Crickx E, Nemazanyy I, Jung V, Guerrera C, Storck S, Mahévas M, Cosma A, Revy P, Fest T, Reynaud CA, Weill JC.
Immunity. 2022 Oct 11;55(10):1872-1890.e9
doi: 10.1016/j.immuni.2022.08.019
Analysis of mRNA vaccination-elicited RBD-specific memory B cells reveals strong
but incomplete immune escape of the SARS-CoV-2 Omicron variant.
Sokal A, Broketa M, Barba-Spaeth G, Meola A, Fernández I, Fourati S, Azzaoui I,
de La Selle A, Vandenberghe A, Roeser A, Bouvier-Alias M, Crickx E, Languille L, Michel M, Godeau B, Gallien S, Melica G, Nguyen Y, Zarrouk V,Canoui-Poitrine F, Noizat-Pirenne F, Mégret J, Pawlotsky JM, Fillatreau S, Simon-Lorière E, Weill JC, Reynaud CA, Rey FA, Bruhns P, Chappert P, Mahévas M.
Immunity. 2022 Jun 14; 55(6):1096-1104.e4
doi: 10.1016/j.immuni.2022.04.002