Cytométrie
Présentation
La plateforme de cytométrie met à la disposition de la communauté scientifique
des cytomètres analyseurs et trieurs de dernière génération. Elle propose également l'expertise de son personnel pour :
-
L’élaboration de protocoles expérimentaux et le développement de nouvelles applications en cytométrie
-
La conception de panels multi-couleurs et l’analyse des données cytométriques
-
La formation des utilisateurs à la cytométrie conventionnelle et spectrale,
à l’utilisation des cytomètres, ainsi qu’à l’analyse des données (supervisée
ou non supervisée)
La plateforme de cytométrie est ouverte à tous les instituts de recherche
et aux sociétés privées.
La technique de cytométrie de flux permet l’analyse multi - paramétrique rapide
de cellules individualisées en suspension au sein d’un échantillon qui peut être constitué de populations cellulaires différentes, voire extrêmement rares. Les cytomètres trieurs sont capables d’isoler des sous-populations cellulaires spécifiques, ou de déposer
une cellule unique dans chacun des puits de plaques 96 ou 384 puits pour
des applications de clonage ou d’analyse au niveau de la cellule unique.
Localisation
Plateforme de cytométrie de la SFR Necker
Faculté de Médecine Université de Paris
156-160 rue de Vaugirard
75015 Paris
Tél : 01 40 61 54 73
La plateforme de cytométrie de SFR Necker se trouve au 1er étage de la faculté.
Personnel
IE Inserm
Johanna Soukaseum
AI-CDD
Équipement
La plateforme dispose de 3 cytomètres trieurs et de 2 cytomètres analyseurs.
Elle met également à disposition un laboratoire dédié au tri cellulaire par cytométrie
en flux pour les échantillons infectieux présentant un risque biologique de niveau 2.
Le cytomètre analyseur spectral Sony ID7000 permet l’analyse simultanée de 41 fluorochromes par échantillon. Il est équipé d’un échantillonneur automatique compatible avec les plaques 96 et 384 puits, des tubes de 5ml et d’un contrôle de la température
des échantillons.
Les cytomètres trieurs sont dotés d’un automate de dépôt permettant le tri et le dépôt d’un nombre défini de cellules dans des plaques multi-puits (96 ou 384 puits),
des barrettes de micro-tubes pour PCR ou sur lames de microscope. Le tri en mode Single-Cell permet de déposer une cellule unique dans chaque puit. L’option
Index Sorting identifie précisément chaque cellule déposée.
Sony MA900 dédié au tri infectieux
4 sources d'excitation: lasers 405, 488, 561 et 638nm
12 fluorochromes peuvent être détectés simultanément
Buses 70, 100 et 130um
Vitesse de tri: 12 000 cellules / seconde
Trieur confiné sous PSMII
Prestations
Assistées : Accompagnement pour la mise au point expérimentale, le design de panels
multi-couleurs, ainsi que pour l’analyse des résultats et des données.
Non assistées : Formation des utilisateurs à l’utilisation des cytomètres et à l’analyse
des données pour une autonomie complète.
La plateforme met également à disposition plusieurs logiciels d’analyse dont Diva, Sony, FlowJo, Kaluza et OMIQ pour l’étude des données multi-couleurs en analyse non-supervisée.
Applications en cytométrie :
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Phénotypage, multi-marquages membranaires et intracellulaires
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Analyse des cellules transfectées avec des systèmes rapporteurs fluorescents (GFP, mCherry…)
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Analyse des cellules souches hématopoïétiques « Side Population » (Hoechst 33342)
-
Etude du cycle cellulaire mono-paramétrique (Cellules perméabilisées : IP, Cellules intactes : Hoechst33342), étude du cycle cellulaire multi-paramétrique (Incorporation de nucleosides : BrdU, EdU, Marquage de l’ARN avec la Pyronine), étude du cycle cellulaire avec les indicateurs colorés (rouge et vert) génétiquement encodés FUCCI
-
Analyse de la mort cellulaire par apoptose
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Etude des paramètres vitaux de la cellule : prolifération cellulaire (CFSE), potentiel membranaire mitochondrial (JC-1, DiOC2, MitoTracker), activité enzymatique, intégrité membranaire (IP, colorants Sytox,7-AAD), étude des voies de signalisation (phospho-protéines)
-
Dosages multiplex (cytokines) avec le BD Cytometric Bead Array
-
Etude du flux calcique (Indo-1)
La plateforme peut développer de nouvelles applications en fonction de la capacité technologique des équipements et de leur potentiel d’évolution.
Publications
Severe hematopoietic stem cell inflammation compromises chronic granulomatous disease gene therapy.
Sobrino S., Magnani A.,Semeraro M., Martignetti L.,Cortal A., Denis A.,Couzin C., Picard C., Bustamante J., Magrin E., Joseph L., Roudaut C., Gabrion A., Soheili T., Cordier C.,
Lortholary O.,Lefrere F., Rieux–Laucat F., Casanova J. L.,Bodard S., Boddaert N., Thrasher A. J.,Touzot F., Taque S., Suarez F., Marcais A.,Guilloux A., Lagresle–Peyrou C., Galy A., Rausell A.,Blanche S., Cavazzana M., Six E.
Cell Rep Med 2023 Feb 21 ;4(2):100919
doi : 10.1016/j.xcrm.2023.100919
Mitochondrial dynamics and metabolic regulation control T cell fate in the thymus.
R. Elhage, M. Kelly, N. Goudin, J. Megret, A. Legrand, I. Nemazanyy, C. Patitucci,
V. Quellec, T. Wai, A. Hamaï, S. Ezine.
Front Immunol 2024 Jan 15:14:1270268
doi: 10.3389/fimmu.2023.1270268. eCollection 2023
Promitotic Action of Oenothera biennis on Senescent Human Dermal Fibroblasts.
S. Ceccacci, K. Roger, I. Metatl, C. Chhuon, K. Tighanimine, S. Fumagalli, A. De Lucia,
I. Pranke, C. Cordier, M. C. Monti and I. C. Guerrera.
Int. J. Mol. Sci. 2022, 23(23), 15153
doi : 10.3390/ijms232315153
Human anti-smallpox long-lived memory B cells are defined by dynamic interactions
in the splenic niche and long-lasting germinal center imprinting.
Chappert P, Huetz F, Espinasse MA, Chatonnet F, Pannetier L, Da Silva L, Goetz C, Mégret J, Sokal A, Crickx E, Nemazanyy I, Jung V, Guerrera C, Storck S, Mahévas M, Cosma A, Revy P, Fest T, Reynaud CA, Weill JC.
Immunity. 2022 Oct 11;55(10):1872-1890.e9
doi: 10.1016/j.immuni.2022.08.019
Analysis of mRNA vaccination-elicited RBD-specific memory B cells reveals strong
but incomplete immune escape of the SARS-CoV-2 Omicron variant.
Sokal A, Broketa M, Barba-Spaeth G, Meola A, Fernández I, Fourati S, Azzaoui I,
de La Selle A, Vandenberghe A, Roeser A, Bouvier-Alias M, Crickx E, Languille L, Michel M, Godeau B, Gallien S, Melica G, Nguyen Y, Zarrouk V,Canoui-Poitrine F, Noizat-Pirenne F, Mégret J, Pawlotsky JM, Fillatreau S, Simon-Lorière E, Weill JC, Reynaud CA, Rey FA, Bruhns P, Chappert P, Mahévas M.
Immunity. 2022 Jun 14; 55(6):1096-1104.e4
doi: 10.1016/j.immuni.2022.04.002
Direct contribution of skeletal muscle mesenchymal progenitors to bone repair.
Julien A, Kanagalingam A, Martínez-Sarrà E, Megret J, Luka M, Ménager M, Relaix F,
Colnot C.
Nat Commun. 2021 May 17;12(1):2860.
doi: 10.1038/s41467-021-22842-5
Maturation and persistence of the anti-SARS-CoV-2 memory B cell response.
Sokal A, Chappert P, Barba-Spaeth G, Roeser A, Fourati S, Azzaoui I, Vandenberghe A, Fernandez I, Meola A, Bouvier-Alias M, Crickx E, Beldi-Ferchiou A, Hue S, Languille L, Michel M, Baloul S, Noizat-Pirenne F, Luka M, Mégret J, Ménager M, Pawlotsky JM, Fillatreau S, Rey FA, Weill JC, Reynaud CA, Mahévas M.
Cell. 2021 Mar 4;184(5):1201-1213.e14.
doi.org/10.1016/j.cell.2021.01.050
Toll-like receptor-9 stimulated plasmacytoid dendritic cell precursors suppress autoimmune neuroinflammation in a murine model of multiple sclerosis.
Letscher H, Agbogan VA, Korniotis S, Gastineau P, Tejerina E, Gras C, Mégret J, Moe A, Drobyski WR, Zavala F.
Sci Rep. 2021 Feb 26;11(1):4735.
doi: 10.1038/s41598-021-84023-0
Hepatitis B virus X protein promotes DNA damage propagation through disruption
of liver polyploidization and enhances hepatocellular carcinoma initiation.
Ahodantin J, Bou-Nader M, Cordier C, Mégret J, Soussan P, Desdouets C, Kremsdorf D.
Oncogene. 2019 Apr;38(14):2645-2657.
doi : 10.1038/s41388-018-0607-3
A splenic IgM memory subset with antibacterial specificities is sustained
from persistent mucosal responses.
Le Gallou S, Zhou Z, Thai LH, Fritzen R, de Los Aires AV, Mégret J, Yu P, Kitamura D, Bille E, Tros F, Nassif X, Charbit A, Weller S, Weill JC, Reynaud CA.
J Exp Med. 2018 Aug 6;215(8):2035-2053.
doi: 10.1084/jem.20180977
BAFF and CD4+ T cells are major survival factors for long-lived splenic plasma cells
in a B-cell-depletion context.
Thai LH, Le Gallou S, Robbins A, Crickx E, Fadeev T, Zhou Z, Cagnard N, Mégret J, Bole C, Weill JC, Reynaud CA, Mahévas M.
Blood. 2018 Apr 5;131(14):1545-1555.
doi: 10.1182/blood-2017-06-789578
Periosteum contains skeletal stem cells with high bone regenerative potential
controlled by Periostin.
Duchamp de Lageneste O, Julien A, Abou-Khalil R, Frangi G, Carvalho C, Cagnard N, Cordier C, Conway SJ, Colnot C.
Nat Commun. 2018 Feb 22;9(1):773.
doi: 10.1038/s41467-018-03124-z