Génomique
Présentation
La plateforme de génomique a été créée en 2008 pour fournir des services de séquençage et d'expression génique à haut débit à la communauté de recherche de Necker, principalement contre rémunération. L'installation effectue toutes les étapes de biologie moléculaire nécessaires pour produire des données brutes à partir des échantillons d'ADN et d'ARN fournis par les utilisateurs. Le plan expérimental ainsi que l'analyse et l'interprétation des résultats sont réalisés de manière interactive avec les chercheurs et la plateforme de bioinformatique (Fondation Imagine/Université Paris Descartes).
Localisation
Imagine - Institut des maladies génétiques - 3e étage
24 Boulevard du Montparnasse, 75015 Paris
Bureaux : 333-334, Laboratoires : 335-336-337
Personnel
Christine Bôle-Feysot, PhD
Responsable, IR, Inserm
Annarita Miccio, PhD
Référent scientifique
Mélanie Parisot
IE, Imagine
Mohammed Zarhrate
AI, Imagine
Fatou Camara
AI, Imagine
Cecile Rouillon
AI, Imagine
Yohann Schmitt
AI, Imagine
Lilian Greau
IR, Imagine
Équipement
La plateforme de génomique a acquis son premier séquenceur de nouvelle génération en 2010 et a augmenté et adapté ses capacités de séquençage au fil du temps.
Depuis 2019, la plateforme génomique utilise un NovaSeq6000 (Illumina, technologie de lecture courte) et un iSeq100 (Illumina) utilisé principalement pour les contrôles de qualité des bibliothèques)
Autres équipements : Cisaillement d'ADN : Covaris E220, Electrophorèse capillaire : Fragment Analyzer (Proteigene), Tape Station 2200 (Agilent Technologies), Mesure des acides nucléiques : spectrophotomètre Xpose (Trinean), fluorimètre QuBit (Invitrogen), PCR en temps réel StepOnePlus (Life Technologies)
Prestations de service
L'installation de base fournit :
Une aide à la conception expérimentale
Le contrôle qualité des échantillons d'ADN et d'ARN
La construction de la bibliothèque, l'amplification clonale et le séquençage avec des séquenceurs de nouvelle génération
Le contrôle qualité et le séquençage de différents types de bibliothèques NGS
L'analyse des données primaires et le transfert vers l'installation de bioinformatique pour une analyse plus approfondie des données
Candidatures proposées :
Séquençage de l'exome (standard, cancer)
Séquençage du génome entier
Re-séquençage ciblé à l'aide de panels de gènes d'intérêt (approche de capture par hybridation)
Amplicon-Sequencing (approche par ligature, y compris les contrôles de qualité effectués suite à la mutagenèse médiée par CRISPR-Cas9, analyse des révertants)
Analyse transcriptomique par séquençage d'ARN :
analyses standards : mRNAseq Profiling (15-20 millions de lectures), mRNAseq Transcriptome (50 millions de lectures)
sur demande : Transcriptome mRNAseq - petite quantité d'ARN total (<50 ng/µl, 50 millions de lectures), RNAseq total
Séquençage de bibliothèques RNAseq unicellulaires
Autres applications du séquençage de nouvelle génération à la demande : séquençage de librairies ChIP-Seq (séquençage de chromatine immunoprécipitée), séquençage de librairies ATAC-Seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin sequencing pour analyser la région de la chromatine accessible aux régulateurs de transcription)…
Publications
Improving the diagnostic efficiency of primary immunodeficiencies with targeted next-generation sequencing. Fusaro M, Rosain J, Grandin V, Lambert N, Hanein S, Fourrage C, Renaud N, Gil M, Chevalier S, Chahla WA, Bader-Meunier B, Barlogis V, Blanche S, Boutboul D, Castelle M, Comont T, Diana JS, Fieschi C, Galicier L, Hermine O, Lefèvre-Utile A, Malphettes M, Merlin E, Oksenhendler E, Pasquet M, Suarez F, André I, Béziat V, De Saint Basile G, De Villartay JP, Kracker S, Lagresle-Peyrou C, Latour S, Rieux-Laucat F, Mahlaoui N, Bole C, Nitschke P, Hulier-Ammar E, Fischer A, Moshous D, Neven B, Alcais A, Vogt G, Bustamante J, Picard C.J Allergy Clin Immunol. 2021 Feb;147(2):734-737.
Somatic reversion of pathogenic DOCK8 variants alters lymphocyte differentiation and function to effectively cure DOCK8 deficiency. Pillay BA, Fusaro M, Gray PE, Statham AL, Burnett L, Bezrodnik L, Kane A, Tong W, Abdo C, Winter S, Chevalier S, Levy R, Masson C, Schmitt Y, Bole C, Malphettes M, Macintyre E, De Villartay JP, Ziegler JB, Smart JM, Peake J, Aghamohammadi A, Hammarström L, Abolhassani H, Picard C, Fischer A, Latour S, Neven B, Tangye SG, Ma CS.J Clin Invest. 2021 Feb 1;131(3):e142434.
Heterozygous FGFR1 mutation may be responsible for an incomplete form of osteoglophonic dysplasia, characterized only by radiolucent bone lesions and teeth retentions. Marzin P, Baujat G, Gensburger D, Huber C, Bole C, Panuel M, Finidori G, De la Dure M, Cormier-Daire V.Eur J Med Genet. 2020 Feb;63(2):103729.
Novel de novo ZBTB20 mutations in three cases with Primrose syndrome and constant corpus callosum anomalies. Alby C, Boutaud L, Bessières B, Serre V, Rio M, Cormier-Daire V, de Oliveira J, Ichkou A, Mouthon L, Gordon CT, Bonnière M, Mechler C, Nitschke P, Bole C, Lyonnet S, Bahi-Buisson N, Boddaert N, Colleaux L, Roth P, Ville Y, Vekemans M, Encha-Razavi F, Attié-Bitach T, Thomas S.Am J Med Genet A. 2018 May;176(5):1091-1098.
BAFF and CD4+ T cells are major survival factors for long-lived splenic plasma cells in a B-cell-depletion context. Thai LH, Le Gallou S, Robbins A, Crickx E, Fadeev T, Zhou Z, Cagnard N, Mégret J, Bole C, Weill JC, Reynaud CA, Mahévas M.Blood. 2018 Apr 5;131(14):1545-1555. doi: 10.1182/blood-2017-06-789578. Epub 2018 Jan 29.PMID: 29378696
Recurrent RTTN mutation leading to severe microcephaly, polymicrogyria and growth restriction.Cavallin M, Bery A, Maillard C, Salomon LJ, Bole C, Reilly ML, Nitschké P, Boddaert N, Bahi-Buisson N.Eur J Med Genet. 2018 Dec;61(12):755-758.
No correlation between mtDNA amount and methylation levels at the CpG island of POLG exon 2 in wild-type and mutant human differentiated cells. Steffann J, Pouliet A, Adjal H, Bole C, Fourrage C, Martinovic J, Rolland-Galmiche L, Rotig A, Tores F, Munnich A, Bonnefont JP.J Med Genet. 2017 May;54(5):324-329. doi: 10.1136/jmedgenet-2016-104335. Epub 2017 Jan 9.PMID: 28069933
WDR81 mutations cause extreme microcephaly and impair mitotic progression in human fibroblasts and Drosophila neural stem cells. Cavallin M, Rujano MA, Bednarek N, Medina-Cano D, Bernabe Gelot A, Drunat S, Maillard C, Garfa-Traore M, Bole C, Nitschké P, Beneteau C, Besnard T, Cogné B, Eveillard M, Kuster A, Poirier K, Verloes A, Martinovic J, Bidat L, Rio M, Lyonnet S, Reilly ML, Boddaert N, Jenneson-Liver M, Motte J, Doco-Fenzy M, Chelly J, Attie-Bitach T, Simons M, Cantagrel V, Passemard S, Baffet A, Thomas S, Bahi-Buisson N.Brain. 2017 Oct 1;140(10):2597-2609.
Comprehensive Identification of Meningococcal Genes and Small Noncoding RNAs Required for Host Cell Colonization. Capel E, Zomer AL, Nussbaumer T, Bole C, Izac B, Frapy E, Meyer J, Bouzinba-Ségard H, Bille E, Jamet A, Cavau A, Letourneur F, Bourdoulous S, Rattei T, Nassif X, Coureuil M.mBio. 2016 Aug 2;7(4):e01173-16.