GÉNOMIQUE
La plateforme de génomique a été créée en 2008 pour fournir des services de séquençage et d'expression génique à haut débit à la communauté de recherche de Necker, principalement contre rémunération. L'installation effectue toutes les étapes de biologie moléculaire nécessaires pour produire des données brutes à partir des échantillons d'ADN et d'ARN fournis par les utilisateurs. Le plan expérimental ainsi que l'analyse et l'interprétation des résultats sont réalisés de manière interactive avec les chercheurs
et la plateforme de bioinformatique (Fondation Imagine/Université Paris Descartes).

SERVICES
L'INSTALLATION DE BASE FOURNIT
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Une aide à la conception expérimentale
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Le contrôle qualité des échantillons d'ADN et d'ARN
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La construction de la bibliothèque, l'amplification clonale et le séquençage
avec des séquenceurs de nouvelle génération
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Le contrôle qualité et le séquençage de différents types de bibliothèques NGS
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L'analyse des données primaires et le transfert vers l'installation de bioinformatique pour une analyse plus approfondie des données
CANDIDATURES PROPOSÉES
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Séquençage de l'exome (standard, cancer)
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Séquençage du génome entier
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Re-séquençage ciblé à l'aide de panels de gènes d'intérêt (approche de capture
par hybridation)
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Amplicon-Sequencing (approche par ligature, y compris les contrôles de qualité effectués suite à la mutagenèse médiée par CRISPR-Cas9, analyse des révertants)
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Analyse transcriptomique par séquençage d'ARN :
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analyses standards : mRNAseq Profiling (15-20 millions de lectures), mRNAseq Transcriptome (50 millions de lectures)
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sur demande : Transcriptome mRNAseq - petite quantité d'ARN total (<50 ng/µl, 50 millions de lectures), RNAseq total
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Séquençage de bibliothèques RNAseq unicellulaires
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Autres applications du séquençage de nouvelle génération à la demande : séquençage de librairies ChIP-Seq (séquençage de chromatine immunoprécipitée), séquençage
de librairies ATAC-Seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin sequencing
pour analyser la région de la chromatine accessible aux régulateurs de transcription)…
ÉQUIPEMENT
La plateforme de génomique a acquis son premier séquenceur de nouvelle génération
en 2010 et a augmenté et adapté ses capacités de séquençage au fil du temps.
Depuis 2019, la plateforme génomique utilise un NovaSeq6000 (Illumina, technologie de lecture courte) et un iSeq100 (Illumina) utilisé principalement pour les contrôles de qualité des bibliothèques)
Autres équipements : Cisaillement d'ADN : Covaris E220, Electrophorèse capillaire : Fragment Analyzer (Proteigene), Tape Station 2200 (Agilent Technologies), Mesure des acides nucléiques : spectrophotomètre Xpose (Trinean), fluorimètre QuBit (Invitrogen), PCR en temps réel StepOnePlus (Life Technologies)
PERSONNEL
Yakov VITRENKO
Responsable
Annarita MICCIO, PhD
Référente scientifique,
Mélanie PARISOT
Cécile ROUILLON
Yohann SCHMITT
Mohammed ZARHRATE
Fatou CAMARA
Christine BÔLE-FEYSOT, PhD
Marie JAZZARA
PUBLICATIONS
Fusaro M, Rosain J, Grandin V, Lambert N, Hanein S, Fourrage C, Renaud N, Gil M, Chevalier S, Chahla WA, Bader-Meunier B, Barlogis V, Blanche S, Boutboul D, Castelle M, Comont T, Diana JS, Fieschi C, Galicier L, Hermine O, Lefèvre-Utile A, Malphettes M, Merlin E, Oksenhendler E, Pasquet M, Suarez F, André I, Béziat V, De Saint Basile G, De Villartay JP, Kracker S, Lagresle-Peyrou C, Latour S, Rieux-Laucat F, Mahlaoui N, Bole C, Nitschke P, Hulier-Ammar E, Fischer A, Moshous D, Neven B, Alcais A, Vogt G, Bustamante J, Picard C.
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De Villartay JP, Ziegler JB, Smart JM, Peake J, Aghamohammadi A, Hammarström L, Abolhassani H, Picard C, Fischer A, Latour S, Neven B, Tangye SG, Ma CS.
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Cavallin M, Rujano MA, Bednarek N, Medina-Cano D, Bernabe Gelot A, Drunat S, Maillard C, Garfa-Traore M, Bole C, Nitschké P, Beneteau C, Besnard T, Cogné B, Eveillard M, Kuster A, Poirier K, Verloes A, Martinovic J, Bidat L, Rio M, Lyonnet S, Reilly ML, Boddaert N, Jenneson-Liver M, Motte J, Doco-Fenzy M, Chelly J, Attie-Bitach T, Simons M, Cantagrel V, Passemard S, Baffet A, Thomas S, Bahi-Buisson N.
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