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GÉNOMIQUE

La plateforme de génomique a été créée en 2008 pour fournir des services de séquençage et d'expression génique à haut débit à la communauté de recherche de Necker, principalement contre rémunération. L'installation effectue toutes les étapes de biologie moléculaire nécessaires pour produire des données brutes à partir des échantillons d'ADN et d'ARN fournis par les utilisateurs. Le plan expérimental ainsi que l'analyse et l'interprétation des résultats sont réalisés de manière interactive avec les chercheurs
et la plateforme de bioinformatique (Fondation Imagine/Université Paris Descartes).

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SERVICES

L'INSTALLATION DE BASE FOURNIT

  • Une aide à la conception expérimentale

  • Le contrôle qualité des échantillons d'ADN et d'ARN

  • La construction de la bibliothèque, l'amplification clonale et le séquençage
    avec des séquenceurs de nouvelle génération

  • Le contrôle qualité et le séquençage de différents types de bibliothèques NGS

  • L'analyse des données primaires et le transfert vers l'installation de bioinformatique pour une analyse plus approfondie des données

CANDIDATURES PROPOSÉES

  • Séquençage de l'exome (standard, cancer)

  • Séquençage du génome entier

  • Re-séquençage ciblé à l'aide de panels de gènes d'intérêt (approche de capture
    par hybridation)

  • Amplicon-Sequencing (approche par ligature, y compris les contrôles de qualité effectués suite à la mutagenèse médiée par CRISPR-Cas9, analyse des révertants)

  • Analyse transcriptomique par séquençage d'ARN :    

  • analyses standards : mRNAseq Profiling (15-20 millions de lectures), mRNAseq Transcriptome (50 millions de lectures)

  • sur demande : Transcriptome mRNAseq - petite quantité d'ARN total (<50 ng/µl, 50 millions de lectures), RNAseq total

  • Séquençage de bibliothèques RNAseq unicellulaires

  • Autres applications du séquençage de nouvelle génération à la demande : séquençage de librairies ChIP-Seq (séquençage de chromatine immunoprécipitée), séquençage
    de librairies ATAC-Seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin sequencing
    pour analyser la région de la chromatine accessible aux régulateurs de transcription)…

ÉQUIPEMENT

La plateforme de génomique a acquis son premier séquenceur de nouvelle génération
en 2010 et a augmenté et adapté ses capacités de séquençage au fil du temps.

Depuis 2019, la plateforme génomique utilise un NovaSeq6000 (Illumina, technologie de lecture courte) et un iSeq100 (Illumina)  utilisé principalement pour les contrôles de qualité des bibliothèques) ​

Autres équipements : Cisaillement d'ADN : Covaris E220, Electrophorèse capillaire : Fragment Analyzer (Proteigene), Tape Station 2200 (Agilent Technologies), Mesure des acides nucléiques : spectrophotomètre Xpose (Trinean), fluorimètre QuBit (Invitrogen), PCR en temps réel StepOnePlus (Life Technologies)

PERSONNEL

Yakov VITRENKO

Responsable

Annarita MICCIO, PhD

Référente scientifique,

Mélanie PARISOT

Cécile ROUILLON

Yohann SCHMITT

Mohammed ZARHRATE

Fatou CAMARA

Christine BÔLE-FEYSOT, PhD

Marie JAZZARA

PUBLICATIONS

Improving the diagnostic efficiency of primary immunodeficiencies with targeted next-generation sequencing.

Fusaro M, Rosain J, Grandin V, Lambert N, Hanein S, Fourrage C, Renaud N, Gil M, Chevalier S, Chahla WA, Bader-Meunier B, Barlogis V, Blanche S, Boutboul D, Castelle M, Comont T, Diana JS, Fieschi C, Galicier L, Hermine O, Lefèvre-Utile A, Malphettes M, Merlin E, Oksenhendler E, Pasquet M, Suarez F, André I, Béziat V, De Saint Basile G, De Villartay JP, Kracker S, Lagresle-Peyrou C, Latour S, Rieux-Laucat F, Mahlaoui N, Bole C, Nitschke P, Hulier-Ammar E, Fischer A, Moshous D, Neven B, Alcais A, Vogt G, Bustamante J, Picard C.
J Allergy Clin Immunol. 2021 Feb;147(2):734-737.

  

Somatic reversion of pathogenic DOCK8 variants alters lymphocyte differentiation and function to effectively cure DOCK8 deficiency.

Pillay BA, Fusaro M, Gray PE, Statham AL, Burnett L, Bezrodnik L, Kane A, Tong W, Abdo C, Winter S, Chevalier S, Levy R, Masson C, Schmitt Y, Bole C, Malphettes M, Macintyre E,
De Villartay JP, Ziegler JB, Smart JM, Peake J, Aghamohammadi A, Hammarström L, Abolhassani H, Picard C, Fischer A, Latour S, Neven B, Tangye SG, Ma CS.

J Clin Invest. 2021 Feb 1;131(3):e142434.

 

Heterozygous FGFR1 mutation may be responsible for an incomplete form
of osteoglophonic dysplasia, characterized only by radiolucent bone lesions
and teeth retentions.

Marzin P, Baujat G, Gensburger D, Huber C, Bole C, Panuel M, Finidori G, De la Dure M, Cormier-Daire V.
Eur J Med Genet. 2020 Feb;63(2):103729.

 

Novel de novo ZBTB20 mutations in three cases with Primrose syndrome and constant corpus callosum anomalies.

Alby C, Boutaud L, Bessières B, Serre V, Rio M, Cormier-Daire V, de Oliveira J, Ichkou A, Mouthon L, Gordon CT, Bonnière M, Mechler C, Nitschke P, Bole C, Lyonnet S, Bahi-Buisson N, Boddaert N, Colleaux L, Roth P, Ville Y, Vekemans M, Encha-Razavi F, Attié-Bitach T, Thomas S.
Am J Med Genet A. 2018 May;176(5):1091-1098.

 

 

BAFF and CD4+ T cells are major survival factors for long-lived splenic plasma cells
in a B-cell-depletion context.

Thai LH, Le Gallou S, Robbins A, Crickx E, Fadeev T, Zhou Z, Cagnard N, Mégret J, Bole C, Weill JC, Reynaud CA, Mahévas M.
Blood. 2018 Apr 5;131(14):1545-1555. doi: 10.1182/blood-2017-06-789578. Epub 2018 Jan 29.PMID: 29378696 

 

Recurrent RTTN mutation leading to severe microcephaly, polymicrogyria
and growth restriction.

Cavallin M, Bery A, Maillard C, Salomon LJ, Bole C, Reilly ML, Nitschké P, Boddaert N,
Bahi-Buisson N
.
Eur J Med Genet. 2018 Dec;61(12):755-758.

 

 

No correlation between mtDNA amount and methylation levels at the CpG island
of POLG exon 2 in wild-type and mutant human differentiated cells.

Steffann J, Pouliet A, Adjal H, Bole C, Fourrage C, Martinovic J, Rolland-Galmiche L, Rotig A, Tores F, Munnich A, Bonnefont JP.

J Med Genet. 2017 May;54(5):324-329. doi: 10.1136/jmedgenet-2016-104335. Epub 2017 Jan 9.PMID: 28069933

 

WDR81 mutations cause extreme microcephaly and impair mitotic progression
in human fibroblasts and Drosophila neural stem cells.

Cavallin M, Rujano MA, Bednarek N, Medina-Cano D, Bernabe Gelot A, Drunat S, Maillard C, Garfa-Traore M, Bole C, Nitschké P, Beneteau C, Besnard T, Cogné B, Eveillard M, Kuster A, Poirier K, Verloes A, Martinovic J, Bidat L, Rio M, Lyonnet S, Reilly ML, Boddaert N, Jenneson-Liver M, Motte J, Doco-Fenzy M, Chelly J, Attie-Bitach T, Simons M, Cantagrel V, Passemard S, Baffet A, Thomas S, Bahi-Buisson N.

Brain. 2017 Oct 1;140(10):2597-2609.


Comprehensive Identification of Meningococcal Genes and Small Noncoding RNAs Required for Host Cell Colonization.

Capel E, Zomer AL, Nussbaumer T, Bole C, Izac B, Frapy E, Meyer J, Bouzinba-Ségard H,
Bille E, Jamet A, Cavau A, Letourneur F, Bourdoulous S, Rattei T, Nassif X, Coureuil M.

mBio. 2016 Aug 2;7(4):e01173-16.

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