Plateforme d'analyse d'images
Présentation
La plateforme d'analyse de bio-images Necker a été créée pour répondre aux besoins d'analyse d'images des deux instituts. Elle est spécialisée dans le service de traitement et d'analyse de bio-images.
Son périmètre comprend toutes les modalités d'imagerie provenant :
i) de différentes plateformes de la SFR (comme la microscopie et l'histologie),
ii) des ressources communes aux 2 instituts (Incucytes, etc.),
ou iii) de systèmes propres aux équipes de recherche du campus Necker ou de l'extérieur.
Tout le travail de la plateforme se fait en collaboration scientifique avec les utilisateurs et les plateformes concernées.
Qu'est-ce que « l'analyse d'images » ?
"En biologie, l'analyse d'images est un processus d'identification de la distribution spatiale des composants biologiques dans les images et de mesure de leurs caractéristiques pour étudier leurs mécanismes sous-jacents de manière impartiale" (2016) Bioimage Data Analysis.
Voici les principales étapes :
Préparation de l'échantillon, choix des modalités d'imagerie, paramètres d'acquisition, tout aura une influence sur l'analyse de l'image et ses résultats. Il est donc important de préparer votre projet scientifique et l'hypothèse biologique que vous souhaitez prouver en fonction de cette analyse d'image (« ce que je veux mettre en évidence, et comment y parvenir »).
SERVICES PROPOSÉS
- Conseil et accompagnement sur les possibilités d'analyse d'images
- Formation sur place ou en visioconférence sur l'utilisation de base des logiciels d'analyse : open-source (Fiji, Icy, Ilastik, QuPath, etc.) et sous licences (Huygens, Imaris, Calopix, etc.).
- Création et rédaction de workflow d'analyse spécifique
- Écriture de macros logiciels open-source pour automatiser votre analyse et accompagnement dans leur compréhension pour la réutiliser.
- Écriture de script pour la compilation des résultats Excel et accompagnement dans leur compréhension pour le réutiliser
1. La plateforme d'analyse de bio-images Necker est disponible pour des réunions consultatives à toutes les étapes du projet.
2. Pour chaque projet d'analyse d'images :
Un premier rendez-vous sera planifié pour une visualisation des images puis décider de la faisabilité de l'analyse.
Dans le cas où la plateforme d'analyse ne peut pas satisfaire l'analyse souhaitée (manque de données, image trop altérée, etc.), un rapport détaillé du point d'analyse perturbateur sera fourni et d'autres stratégies d'analyse seront proposées.
3. Une fois le workflow établi :
Un rapport contenant toutes les étapes d'analyse (du prétraitement à l'extraction et à la synthèse des résultats), le logiciel utilisé et les points clés de l'analyse, pouvant être source d'éventuels biais, sera remis à l'utilisateur.
A la demande, un dossier d'analyse complet (images brutes utilisées pour faire le workflow et les scripts, images provenant des différentes étapes du workflow et les résultats obtenus par le workflow) pourrait être remis à l'utilisateur.
Localisation
Bureaux : Immeuble Fac Rdc R24 - Tél : +33 (0)1.40.61.55.48
Salle d'analyse : Bâtiment de la Faculté de Médecine : 1er étage salle 108b
Salle d'analyse Immeuble IMAGINE : 2ème étage (près de la porte 208)
Personnel
Équipement
Les logiciels d'analyse open source Fiji, Icy, Ilastik et Qupath sont installés sur tous les systèmes d'analyse
Bâtiment de la faculté
1er étage chambre 108b :
1 poste de travail
Processeurs AMD 24 cœurs - 48 threads / 128 Go de RAM / 12 To de stockage / GPU Nvidia 8 Go
1 système d'analyse avec Imaris v9.5.3
CPU Intel 6 cœurs - 12 threads / 24 Go de RAM / 5 To de stockage / GPU Ati 1 Go
IMAGINER le bâtiment
2ème étage (près de la porte n°208) :
1 poste de travail avec Imaris et piqueuse Imaris v9.6
Processeurs Intel 12 core - 24 threads / 128 Go de RAM / 5 To pour le stockage / GPU Ati 3 Go
1 poste de travail avec Huygens
Processeurs Intel 20 core-40 threads/128Go de RAM / 2x 2 To pour stockage/GPU Nvidia 8Go
1 système d'analyse
Processeurs Intel 4 core - 8 threads / 32 Go de RAM / 2 To pour le stockage / GPU Nvidia 2 Go
étage -1 pièce S10 :
1 système d'analyse pour la récupération d'images du scanner de lame d'histologie
Frais
Pour l'année 2021, année de mise en place du centre d'analyse d'images, il n'y a pas de Frais , Les frais seront calculés à partir de janvier 2022.
Publications
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Guillem F, Dussiot M, Colin E, Suriyun T, Arlet JB, Goudin N, Marcion G, Seigneuric R, Causse S, Gonin P, Gastou M, Deloger M, Rossignol J, Lamarque M, Choucair ZB, Gautier EF, Ducamp S , Vandekerckhove J, Moura IC, Maciel TT, Garrido C, An X, Mayeux P, Mohandas N, Courtois G, Hermine O. XPO1 régule la différenciation érythroïde et est une nouvelle cible pour le traitement de la -thalassémie. Hématologique. 1er septembre 2020;105(9):2240-2249.
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