HISTOLOGIE
La plateforme d'histologie dispose actuellement de l'ensemble des équipements nécessaires
à la réalisation des techniques histologiques de routine sur les prélèvements fixés, congelés ou frais, de la possibilité de numériser vos lames histologiques. La plateforme possède également des équipements spécifiques permettant la réalisation de reconstructions en 3D d'échantillons marqués (OHREM), de projets de microdissection laser et de marquages multiplex (Phenocycler-Fusion).
Notre mission est de prendre en charge vos échantillons selon votre demande (inclusion, coupe, coloration et/ou scan de lame en fond clair, en fluorescence ou en lumière polarisée, HREM) et de former les utilisateurs sur différentes techniques histologiques (inclusion, marquage multiplex) et sur nos différents postes de travail disponibles à la réservation (microtome, cryostat, vibratome, microdissecteur laser, PhenoImager).
Nous mettons à votre disposition notre expérience et la technologie de cette plateforme.
La plateforme est ouverte aux équipes académiques et privées des autres sites.
Nous serons heureux de vous aider avec des analyses spécifiques et de routine
dans vos projets de recherche.
1- Pour les demandes courantes de service
> veuillez remplir les formulaires dédiés et les envoyer par courrier électronique
à histo.sfrnecker@inserm.fr
2- Pour toutes les demandes concernant la possibilité de développements technologiques innovants ou d'analyses collaboratives au-delà des services déjà proposés par la plateforme
> merci de contacter la responsable de la plateforme Sophie Berissi par mail sophie.berissi@inserm.fr (cc référent scientifique Dr Ganna Panasyuk à ganna.panasyuk@inserm.fr )
PRESTATIONS
PRESTATIONS DE ROUTINE
La plateforme prend en charge vos échantillons et réalise les prestations de votre choix :
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l'inclusion en paraffine
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la coupe : en congélation (5-30µm) et/ ou en paraffine (4µm)
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les colorations histologiques : coloration standard (Hématoxyline – Eosine,
Bleu de toluidine) ou colorations spécifiques du collagène (Trichrome de Masson,
Picro-sirius), des polysaccharides (Periodic Acid Schiff) -
la virtualisation de lames en lumière blanche, en fluorescence et en lumière polarisée.
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l'inclusion d'échantillon en résine à destination de la coupe sur l'OHREM
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la coupe d'échantillon inclus dans une résine et acquisition d'images grâce à l'OHREM.
LES FORMATIONS OU PRESTATIONS ASSISTÉES
La plateforme assure aussi la formation d'un ou plusieurs membres de votre équipe :
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à l'utilisation des équipements : inclusion en paraffine, microtome, cryostat,
vibratome et PhenoImager -
aux marquages multiplex sur le Phenocylcer-Fusion (formation et accompagnement)
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à la microdissection laser (formation et accompagnement)
EFFECTUER UNE DEMANDE DE PRESTATION/FORMATION
Pour toute demande de prestation et/ou de formation, il est obligatoire de nous contacter par email à histo.sfrnecker@inserm.fr et de transmettre les formulaires dédiés.
Pour accéder aux différents services, il est impératif de souscrire sans réserve à la charte d'utilisation de la plateforme d'histologie.
Tout nouvel utilisateur ou nouveau projet doit faire l’objet d’une réunion afin de discuter
de votre projet, de vous proposer les différentes prestations qui répondent à votre besoin
et de vous expliquer le fonctionnement de la plateforme d'histologie.
ÉQUIPEMENTS
Les équipements pour les techniques histologiques de routine :
TRAITEMENT DES TISSUS INCLUS EN PARAFFINE (FFPE)
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1 automate d'infiltration des tissus sous vide (ASP300S, Leica) permettant
la conduite de la déshydratation automatique et l'imprégnation en paraffine
jusqu'à 300 échantillons par jour.
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2 plaques d'inclusion (EC-350, Microm France et Histostar, Thermo) pour effectuer l'enrobage des tissus avec de la paraffine.
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1 déparaffineur de cassette (TR 302, Tech-Inter) pour retirer l'excès de paraffine autour du bloc réalisé.
COUPE DES TISSUS
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4 microtomes, 2 automatiques (2 x HM 355S, Microm France), 1 semi-automatique (HM 340E, Microm France) pour la réalisation des prestations de coupes en paraffine, ainsi qu'un autre microtome semi-automatique (RM2245, Leica) mis à disposition
des utilisateurs.
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1 imprimante laser de lame (HistoCore Lightning S, Leica) pour l'écriture des lames
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1 cryostat (CM3050S Leica) pour la réalisation de coupes congelées. Cet appareil
est également accessible aux utilisateurs autonomes.
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1 vibratome (VT1200) pour la réalisation sur tissus frais. Cet appareil est également accessible aux utilisateurs autonomes.
COLORATION
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1 multistainer (ST5020-CV5030, Leica) permettant de réaliser les colorations classiques et spécifiques des tissus et d'effectuer le montage avec lamelle.
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1 microscope (DME, Leica) permettant un contrôle constant de la qualité des coupes
et des colorations.
SCANNERS DE LAMES
La plateforme dispose de deux scanners de lames de capacité de 210 lames :
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Nanozoomer 2.0 HT (Hamamatsu) :
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Mode de visualisation : Fond clair et fluorescence (DAPI, FITC, TRITC, Cy5)
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Objectif : 20x NA 0.75 à grossissement global 20X ou 40X
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VS200 (Olympus – Evident) :
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Mode de visualisation : Fond clair, fluorescence (DAPI, FITC, Cy3, Cy5, Cy7) et lumière polarisée pour détecter le collagène avec la coloration Picro-sirius.
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Objectifs : 2x, 4x NA 0.13, APO20x NA 0.8 et APO40x NA 0.95
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Caméra : une caméra couleur CMOS pour le fond clair et une caméra monochrome
très sensible ORCA-Fusion pour la fluorescence.
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PhenoImager(Akoya) de capacité 4 lames pour scanner en fluorescence
les lames OPAL.-
Objectifs : 20x et 40x
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Les équipements pour les techniques spécifiques :
MICRODISSECTEUR LASER
La plateforme dispose d'un Microdissecteur Laser (Palm MicroBeam, Zeiss). Cet appareil vous permet, d'étudier des acides nucléiques (ADN/ARN) et des protéines de sous-populations cellulaires spécifiques.
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Caméra imagerie en fond clair : AxioCam ICc1 rev.3
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Capteur CCD 1392x1040= 1,4 mégapixels
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Caméra imagerie en fluorescence : AxioCam MRm rev3
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Capteur CCD 1392x1040= 1,4 mégapixels
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Filtres : DAPI (EX 390-420, LP450), FITC/GFP (EX BP 450-490, EM BP 515-565), Rhodamine (EX BP 510-560, EM LP 590)
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Objectifs : 5x/0,25 ; 20x/0,4 ; 40x/0,6 ; 63x/0,75
OHREM
La plateforme d'histologie possède un OHREM (Optical High Resolution Episcopic Microscope, Indigo Scientific).
L'HREM est une technique d'histologie en 3D. Il est utile pour analyser et quantifier l'anatomie fine d'échantillons épais et volumineux et peut également fournir des images 3D de rapporteurs LacZ et HRP à partir d'échantillons transgéniques ou d'expériences ISH.
Il n'est pas compatible avec les rapporteurs fluorescents, il n'atteint pas la résolution subcellulaire ; il est donc complémentaire des microscopes confocaux ou à feuillet
de lumière, qui sont souvent limités dans la taille des échantillons pouvant être traités
et ne sont pas compatibles avec les rapporteurs non fluorescents.
Lien utile : https://www.indigoscientific.com/hrem
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2 sources de lumière : 585nm (marquage enzymatique) ou 470nm (morphologie)
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Épaisseur de coupe : 1 à 5µm
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Dimension de l'échantillon : jusqu'à 20mm
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Résolution : 4 ou 12 mégapixels
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Temps de coupe : 2 à 12 heures (dépend de la taille de l'échantillon et de la résolution).
1 loupe binoculaire (Stemi 508, Zeiss) pour l'orientation des échantillons
lors de l'inclusion en résine pour la technique HREM
MARQUAGE MULTIPLEX
La plateforme a fait l’acquisition du Phenocycler-Fusion (Akoya) permettant la détection simultanée de multiples biomarqueurs pour l’analyse spatiale des tissus facilitant ainsi
la compréhension de l’organisation cellulaire dans leur microenvironnement.
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40+ biomarkers
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Zone de marquage : 18 × 34 mm
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Épaisseur du tissu : 5–10 µm
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Compatible with FFPE and fresh-frozen (FF) samples.
(L’analyse des résultats se fait avec le plateau d’analyse d’image de Nicolas Goudin
et la plateforme de bioinformatique.)
PERSONNEL
Sophie BERISSI
Responsable
Ganna PANASYUK, PhD
Référent scientifique
Sofian AMEUR
Damien CONROZIER
Mayeul THOMAS
PUBLICATIONS
Haemodynamic stress-induced breaches of the arterial intima trigger inflammation
and drive atherogenesis.
Franck G, Even G, Gautier A, Salinas M, Loste A, Procopio E, Gaston AT, Morvan M,
Dupont S, Deschildre C, Berissi S, Laschet J, Nataf P, Nicoletti A, Michel JB, Caligiuri G.
Eur Heart J. 2018 Dec 11.
MITF-A controls branching morphogenesis and nephron endowment.
Phelep A, Laouari D, Bharti K, Burtin M, Tammaccaro S, Garbay S, Nguyen C, Vasseur F, Blanc T, Berissi S, Langa- Vives F, Fischer E, Druilhe A, Arnheiter H, Friedlander G,
Pontoglio M, Terzi F.
PLOS Genet. 2017 Dec 14;13(12).
Alternative splicing-regulated protein of hepatitis B virus hacks the TNF --
stimulated signaling pathways and limits the extent of liver inflammation.
Pol JG, Lekbaby B, Redelsperger F, Klamer S, Mandouri Y, Ahodantin J, Bieche I,
Lefevre M, Souque P, Charneau P, Gadessaud N, Kremsdorf D,Soussan P.
FASEB J. 2015 May;29(5):1879-89.
Cystic gene dosage influences kidney lesions after nephron reduction.
Canaud G, Bienaimé F, Viau A, Treins C, Baron W, Nguyen C, Burtin M, Berissi S,
Giannakakis K, Muda AO, Zschiedrich S, Huber TB, Friedlander G, Legendre C, Pontoglio M, Pende M, Terzi F.
Nat Med. 2013 Oct;19(10):1288-96.
AKT2 is essential to maintain podocyte viability and function during chronic
kidney disease.
Canaud G, Bienaimé F, Viau A, Treins C, Baron W, Nguyen C, Burtin M, Berissi S,
Giannakakis K, Muda AO, Zschiedrich S, Huber TB, Friedlander G, Legendre C, Pontoglio M, Pende M, Terzi F.
Nat Med. 2013 Oct;19(10):1288-96.
Antiviral activity of Bay 41-4109 on hepatitis B virus in humanized Alb-uPA/SCID mice. Brezillon N, Brunelle MN, Massinet H, Giang E, Lamant C, DaSilva L, Berissi S, Belghiti J, Hannoun L, Puerstinger G, Wimmer E, Neyts J, Hantz O, Soussan P, Morosan S, Kremsdorf D.
PLoS One. 2011;6(12):e25096
Constitutively active Akt1 expression in mouse pancreas requires S6 kinase 1
for insulinoma formation.
Alliouachene S, Tuttle RL, Boumard S, Lapointe T, Berissi S, Germain S, Jaubert F, Tosh D, Birnbaum MJ, Pende M.
J Clin Invest. 2008 Nov;118(11):3629-38.