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Protéomique

Présentation

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La protéomique est essentielle à l’étude des pathologies de l’homme par des approches de recherche clinique et fondamentale. Elle permet de comprendre les mécanismes sous-jacents des maladies et d’identifier des signatures moléculaires spécifiques.

 

Fondée en 2006, la PPN fait partie de la SFR Necker et du réseau des plateformes protéomiques de l'Université de Paris. La PPN est une plateforme labellisé IBiSA.

 

La PPN est ouverte aux équipes de tous les instituts de recherche, aux services cliniques et au secteur privé - en France et à l'étranger.

 

Le parc instrumental de la PPN a été renouvelé en 2021 et comprend désormais un spectromètre de masse timsTOF Pro couplé à deux systèmes de chromatographie, EvosepOne et nanoElute, dédiés à l'analyse et la quantification à haut débit des protéines. La plateforme possède aussi un instrument d'interférométrie biocouche Octet.

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En 2023, Necker Proteomics a introduit une nouvelle technologie dédiée à la recherche de biomarqueurs plasmatiques : Proteograph de Seer. Le Proteograph Assay est basé sur la formation d'une « couronne » de protéines sur des nanoparticules fonctionnalisées, ce qui augmente considérablement le nombre de protéines plasmatiques quantifiées par spectrométrie de masse (de 800 à plus de 4000) (Pour en savoir plus : https://seer.bio/products/proteograph-product-suite/).

 

PPN est le seul laboratoire en France à proposer cette nouvelle technologie, et a obtenu le label de « laboratoire de référence » pour Seer en Europe.

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L’interaction dynamique entre le Laboratoire de Protéomique et Médecine de Précision et la Plateforme Protéomique de Necker permet d’offrir une technologie et une expertise de pointe pour aider à comprendre les maladies (PTM, protéomique différentielle et d'interaction) et pour rechercher des biomarqueurs de diagnostic/pronostic dans les fluides biologiques par MS (LC-MSMS à haut débit, analyse des vésicules).

 

La plateforme PPN a mis en place une démarche qualité afin d’optimiser son organisation, garantir la traçabilité des toutes les informations concernant les projets et fournir à ses collaborateurs les résultats les plus fiables.

 

Depuis février 2023 PPN est certifiée selon les exigences des normes de management de la qualité ISO 9001 :2016 et NF X50-900 :2016. La certification couvre l’ensemble des domaines d’activité du PPN : « Prestations de Service et activités de Recherche en protéomique clinique et translationnelle » (certificats LRQA ISO and NFX).

Localisation

Localisation

Plateforme Protéomique PPN Necker

Faculté de Médecine Université de Paris Cité

156-160 rue de Vaugirard

75015 Paris

 

Tél : 01 40 61 54 67

proteomique.sfrnecker@inserm.fr

 

PPN Necker est situé au 1er étage du bâtiment Faculté

Personnel

Personnel
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Chiara Guerrera, PhD

Responsable scientifique et opérationnelle IR-INSERM

chiara.guerrera@inserm.fr

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Alain Charbit, PhD

Référent Scientifique

alain.charbit@inserm.fr

Cerina Chhuon

IE-Université de Paris Cité

cerina.chhuon@inserm.fr

Vincent Jung

AI-CNRS

vincent.jung@inserm.fr

Joanna Lipecka

IE-INSERM

joanna.lipecka@inserm.fr

Ines Metatla

IE-CDD

ines.metatla@inserm.fr

Kévin Roger

IE-CDD

kevin.roger@inserm.fr

Sara Ceccacci

Post-Doc

sara.ceccacci@inserm.fr

Equipement

Équipements

Timms TOF-2.jpg

TimsTOF Pro MS (Bruker)

 

couplé à une chaine

de nanochromatographie

EVOSEPOne

Prestations

Expertise et services :

 

  • Conseil aux chercheurs et conception d'une stratégie adaptée à leur projet

  • Identification des protéines pour les mélanges simples ou complexes

  • Identification et quantification des protéines (Labelfree SILAC, ITRAQ,)

  • Quantification absolue des protéines (MRM et PRM)

  • Analyse protéomique des fluides corporels et des vésicules extracellulaires (urine, LBA, sueur, plasma, liquide amniotique, LCR)

  • Analyse de données statistiques et bioinformatiques (logiciels Mascot, MaxQuant, Perseus)

  • Analyse de biologie des systèmes à l'aide de graphe de réseau de protéines (logiciels Ingenuity, AmiGO)

 

Applications :

 

  • Identification de nouvelles interactions protéine-protéine, ARN-protéine, ADN-protéine

  • Identification et quantification des PTMs (acétylation, glycosylation, phosphorylation)

  • Étude du protéome différentiel dans la maladie vs contrôle

  • Dosage multiple de protéines connues

  • Découverte et validation des biomarqueurs

  • Contrôles de qualité des protéines recombinantes

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Prestations

Publications

Publications

80 publications en total, dont 45 depuis 2018 (IF moyen 2022 : 9,74).

Pour la liste complète des publications, cliquez ici. 

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*** publication en 1er ou dernier auteur par les ingénieurs de la plateforme

 

  1. The pentose phosphate pathway constitutes a major metabolic hub in pathogenic Francisella. Rytter H, Jamet A, Ziveri J, Ramond E, Coureuil M, Lagouge-Roussey P, Euphrasie D, Tros F, Goudin N, Chhuon C, Nemazanyy I, de Moraes FE, Labate C, Guerrera IC, Charbit A. PLoS Pathog. 2021 Aug 2;17(8):e1009326.

  2. RESVEGA, a Nutraceutical Omega-3/Resveratrol Supplementation, Reduces Angiogenesis in a Preclinical Mouse Model of Choroidal Neovascularization. Courtaut F, Aires V, Acar N, Bretillon L, Guerrera IC, Chhuon C, Pais de Barros JP, Olmiere C, Delmas D. Int J Mol Sci. 2021 Oct 13;22(20):11023.

  3. STING protects breast cancer cells from intrinsic and genotoxic-induced DNA instability via a non-canonical, cell-autonomous pathway. Cheradame L, Guerrera IC, Gaston J, Schmitt A, Jung V, Goudin N, Pouillard M, Radosevic-Robin N, Modesti M, Judde JG, Cairo S, Goffin V. Oncogene. 2021 Oct 8.

  4. Polo-like kinase 1 (Plk1) regulates DNA replication origin firing and interacts with Rif1 in Xenopus. Ciardo D, Haccard O, Narassimprakash H, Cornu D, Guerrera IC, Goldar A, Marheineke K. Nucleic Acids Res. 2021 Sep 27;49(17):9851-9869.

  5. Synaptic disruption and CREB-regulated transcription are restored by K+ channel blockers in ALS. Catanese A, Rajkumar S, Sommer D, Freisem D, Wirth A, Aly A, Massa-López D, OlivieriA, Torelli F, Ioannidis V, Lipecka J, Guerrera IC, Zytnicki D, Ludolph A, Kabashi E, Mulaw MA, Roselli F, Böckers TM. EMBO Mol Med. 2021 Jul 7;13(7):e13131.

  6. Identification and Relative Quantification of hFSH Glycoforms in Women's Sera via MS-PRM-Based Approach. Melchiorre C, Chhuon C, Jung V, Lipecka J, Di Rella F, Conforti A, Amoresano A, Carpentieri A, Guerrera IC. Pharmaceutics. 2021 May 27;13(6):798.

  7. Glucose treatment of human pancreatic β-cells enhances translation of mRNAs involved in energetics and insulin secretion. Zakaria A, Berthault C, Cosson B, Jung V, Guerrera IC, Rachdi L, Scharfmann R. J Biol Chem. 2021 Jul;297(1):100839.

  8. Integrative Cell Type-Specific Multi-Omics Approaches Reveal Impaired Programs of Glial Cell Differentiation in Mouse Culture Models of DM1. González-Barriga A, Lallemant L, Dincã DM, Braz SO, Polvèche H, Magneron P, Pionneau C, Huguet-Lachon A, Claude JB, Chhuon C, Guerrera IC, Bourgeois CF, Auboeuf D, Gourdon G, Gomes-Pereira M. Front Cell Neurosci. 2021 May 5;15:662035.

  9. Role of VAMP7-dependent secretion of reticulon 3 in neurite growth. Wojnacki J, Nola S, Bun P, Cholley B, Filippini F, Pressé MT, Lipecka J, Lam SM, N'guyen J, Simon A, Ouslimani A, Shui G, Fader CM, Colombo MI, Guerrera IC, Galli T. Cell Rep. 2021 Apr 13;35(2):109006.

  10. Sickle Cell Trait Modulates the Proteome and Phosphoproteome of Plasmodium falciparum-Infected Erythrocytes.Chauvet M, Chhuon C, Lipecka J, Dechavanne S, Dechavanne C, Lohezic M, Ortalli M, Pineau D, Ribeil JA, Manceau S, Le Van Kim C, Luty AJF, Migot-Nabias F, Azouzi S, Guerrera IC, Merckx A. Front Cell Infect Microbiol. 2021 Mar 24;11:637604.

  11. The equilibrative nucleoside transporter 1 (ENT1) is critical for nucleotide homeostasis and optimal erythropoiesis. Mikdar M, Gonzalez-Menendez P, Cai X, Zhang Y, Serra M, Dembélé AK, Boschat AC, Sanquer S, Chhuon C, Guerrera IC, Sitbon M, Hermine O, Colin Y, Le Van Kim C, Kinet S, Narla M, Xia Y, Peyrard T, Taylor N, Azouzi S. Blood. 2021 Mar 10:blood.2020007281. doi: 10.1182/blood.2020007281. Epub ahead of print. PMID: 33690842.

  12. Disruption of pathways regulated by Integrator complex in Galloway-Mowat syndrome due to WDR73 mutations. Tilley FC, Arrondel C, Chhuon C, Boisson M, Cagnard N, Parisot M, Menara G, Lefort N, Guerrera IC, Bole-Feysot C, Benmerah A, Antignac C, Mollet G. Sci Rep. 2021 Mar 8;11(1):5388. doi: 10.1038/s41598-021-84472-7. PMID: 33686175; PMCID: PMC7940485.

  13. Role of VAMP7-Dependent Secretion of Reticulon 3 in Neurite Growth. Wojnacki J, Nola S, Bun P, Cholley B, Filippini F, Pressé MT, Lipecka J, Man Lam S, N'guyen J, Simon A, Ouslimani A, Shui G, Fader CM, Colombo MI, Guerrera IC, Galli T. Cell Rep. 2020 Dec 22;33(12):108536. doi: 10.1016/j.celrep.2020.108536. PMID: 33357422.

  14. GFOGER Peptide Modifies the Protein Content of Extracellular Vesicles and Inhibits Vascular Calcification. Mansour A, Darwiche W, Yaker L, Da Nascimento S, Gomila C, Rossi C, Jung V, Sonnet P, Kamel S, Guerrera IC, Boullier A, Ausseil JFront Cell Dev Biol. 2020 Nov 30;8:589761. doi: 10.3389/fcell.2020.589761. PMID: 33330469; PMCID: PMC7734313.

  15. Dataset of a comparative proteomics experiment in a methylmalonyl-CoA mutase knockout HEK 293 cell model. Costanzo M, Caterino M, Cevenini A, Jung V, Chhuon C, Lipecka J, Fedele R, Guerrera IC, Ruoppolo M. Data Brief. 2020 Oct 22;33:106453. doi: 10.1016/j.dib.2020.106453. PMID: 33195772; PMCID: PMC7644733.

  16. Urinary Exosomes of Patients with Cystic Fibrosis Unravel CFTR-Related Renal Disease. Gauthier S, Pranke I, Jung V, Martignetti L, Stoven V, Nguyen-Khoa T, Semeraro M, Hinzpeter A, Edelman A, Guerrera IC, Sermet-Gaudelus I. Int J Mol Sci. 2020 Sep 10;21(18):6625. doi: 10.3390/ijms21186625. PMID: 32927759; PMCID: PMC7554933.

  17. *** A sensitive S-Trap-based approach to the analysis of T cell lipid raft proteome. Chhuon C, Zhang SY, Jung V, Lewandowski D, Lipecka J, Pawlak A, Sahali D, Ollero M, Guerrera IC. J Lipid Res. 2020 Nov;61(11):1512-1523. doi: 10.1194/jlr.D120000672. Epub 2020 Aug 7. PMID: 32769147; PMCID: PMC7604723.

  18. Proteomics Reveals that Methylmalonyl-CoA Mutase Modulates Cell Architecture and Increases Susceptibility to Stress. Costanzo M, Caterino M, Cevenini A, Jung V, Chhuon C, Lipecka J, Fedele R, Guerrera IC, Ruoppolo M. Int J Mol Sci. 2020 Jul 15;21(14):4998. doi: 10.3390/ijms21144998. PMID: 32679819; PMCID: PMC7403994.

  19. Critical Role of a Sheath Phosphorylation Site On the Assembly and Function of an Atypical Type VI Secretion System. Ziveri J, Chhuon C, Jamet A, Rytter H, Prigent G, Tros F, Barel M, Coureuil M, Lays C, Henry T, Keep NH, Guerrera IC, Charbit A. Mol Cell Proteomics. 2019 Dec;18(12):2418-2432. doi: 10.1074/mcp.RA119.001532. Epub 2019 Oct 2. PMID: 31578219; PMCID: PMC6885697.

  20. STK38 kinase acts as XPO1 gatekeeper regulating the nuclear export of autophagy proteins and other cargoes.  Martin AP, Jacquemyn M, Lipecka J, Chhuon C, Aushev VN, Meunier B, Singh MK, Carpi N, Piel M, Codogno P, Hergovich A, Parrini MC, Zalcman G, Guerrera IC, Daelemans D, Camonis JH. EMBO Rep. 2019 Nov 5;20(11):e48150. doi: 10.15252/embr.201948150.

  21. Defects in t6A tRNA modification due to GON7 and YRDC mutations lead to Galloway-Mowat syndrome.  Arrondel, Missoury, Snoek, Patat, Menara, Collinet, Liger, Durand, Gribouval, Boyer, Buscara, Martin, Machuca, Nevo, Lescop, Braun, Boschat, Sanquer, Guerrera IC, Revy, Parisot, Masson, BODDAERT, Charbit, Decramer, Novo, Macher, Ranchin, Bacchetta, Laurent, Collardeau-Frachon, Albertien van Eerde, Hildebrandt, Magen, Antignac, van Tilbeurgh, and Mollet.  Nat Commun. 2019 Sep 3;10(1):3967. doi: 10.1038/s41467-019-11951-x

  22. Intracellular offsprings released from SFB filaments are flagellated. Nkamba I, Mulet C, Dubey GP, Gorgette O, Couesnon A, Salles A, Moya-Nilges M, Jung V, Gaboriau-Routhiau V, Guerrera IC, Shima T, Umesaki Y, Nigro G, Krijnse-Locker J, Berard M, Cerf-Bensussan1 N, Sansonetti PJ, Schnupf P., Nat Microbiol. 2020 Jan;5(1):34-39. doi: 10.1038/s41564-019-0608-1.

  23. CMIP is a negative regulator of T cell signaling. Oniszczuk J, Sendeyo K, Chhuon C, Savas B, Cogné E, Vachin P, Henique C, Guerrera IC, Astarita G, Frontera V, Pawlak A, Audard V, Sahali D, Ollero M. Cell Mol Immunol. 2019 Aug 8. doi: 10.1038/s41423-019-0266-5. PubMed PMID: 31395948.

  24. Essential role of GEXP15, a specific Protein Phosphatase type 1 partner, in Plasmodium berghei in asexual erythrocytic proliferation and transmission. Hollin T, De Witte C, Fréville A, Guerrera IC, Chhuon C, Saliou JM, Herbert F, Pierrot C, Khalife J. PLoS Pathogens 2019 Jul 26;15(7):e1007973. doi:10.1371/journal.ppat.1007973. PMID: 31348803

  25. Plasmodium pseudo-Tyrosine Kinase-like binds PP1 and SERA5 and is exported to host erythrocytes Gnangnon B, Fréville A, Cailliau K, Leroy C, De Witte C, Tulasne D, Martoriarti A, Jung V, Guerrera IC, Marion S, Khalife J, Pierrot C. Sci Rep. 2019 May 31;9(1):8120. doi: 10.1038/s41598-019-44542-3. PubMed PMID: 31148576;

  26. Human IFT52 mutations uncover a novel role for the protein in microtubule dynamics and centrosome cohesion. Dupont MA, Humbert C, Huber C, Siour Q, Guerrera IC, Jung V, Christensen A, Pouliet A, Garfa-Traore M, Nitschké P, Injeyan M, Millar K, Chitayat D, Shannon P, Girisha KM, Shukla A, Mechler C, Lorentzen E, Benmerah A, Cormier-Daire V, Jeanpierre C, Saunier S, Delous M. Hum Mol Genet. 2019. pii: ddz091. doi: 10.1093/hmg/ddz091.

  27. Interaction between galectin-3 and cystinosin uncovers a pathogenic role of inflammation in kidney involvement of cystinosis. Lobry T, Miller R, Nevo N, Rocca CJ, Zhang J, Catz SD, Moore F, Thomas L, Pouly D, Bailleux A, Guerrera IC, Gubler MC, Cheung WW, Mak RH, Montier T, Antignac C, Cherqui S. Kidney Int. 2019 Mar 6. pii: S0085-2538(19)30172-3. doi: 10.1016/j.kint.2019.01.029.

  28. Chronic Staphylococcus aureus lung infection correlates with proteogenomic and metabolic adaptations leading to an increased intracellular persistence. Tan X, Coureuil M, Ramond E, Euphrasie D, Dupuis M, Tros F, Meyer J, Nemazanyy I, Chhuon C, Guerrera IC, Ferroni A, Sermet-Gaudelus I, Nassif X, Charbit A, Jamet A. Clin Infect Dis. 2019 Feb 7. doi: 10.1093/cid/ciz106.

  29. LC-MS/MS-based quantification of efflux transporter proteins at the BBB. Gomez-Zepeda D, Taghi M, Smirnova M, Sergent P, Liu WQ, Chhuon C, Vidal M, Picard M, Thioulouse E, Broutin I, Guerrera IC, Scherrmann JM, Parmentier Y, Decleves X, Menet MC. J Pharm Biomed Anal. 2019 Feb 5;164:496-508. doi: 10.1016/j.jpba.2018.11.013. Epub 2018 Nov 8.

  30. ***High N-glycan multiplicity is critical for neuronal adhesion and sensitizes the developing cerebellum to N-glycosylation defect. Medina-Cano D, Ucuncu E, Nguyen LS, Nicouleau M, Lipecka J, Bizot JC, Thiel C, Foulquier F, Lefort N, Faivre-Sarrailh C, Colleaux L, Guerrera IC, Cantagrel V. Elife. 2018 Oct 12;7. pii: e38309. doi: 10.7554/eLife.38309.

  31. ***Comparative proteomics of respiratory exosomes in cystic fibrosis, primary ciliary dyskinesia and asthma. Rollet-Cohen V, Bourderioux M, Lipecka J, Chhuon C, Jung V, Mesbahi M, Nguyen-Khoa T, Guérin-Pfyffer S, Schmitt A, Edelman A, Sermet-Gaudelus I, Guerrera IC. J Proteomics. 2018 Aug 15;185:1-7. doi: 10.1016/j.jprot.2018.07.001. Epub 2018 Jul 3.PMID: 30032860

  32. M’baya-Moutoulaa, E, Louveta, L, Moliniéb R, Guerrera IC, Cerutti C, Fourdinier O, Nourrye V, Gutierrez L, Morlière P, Mesnard F, Ziad A.M., Metzinger-le Meutha V. , and Metzinger L (2018). A multi-omics analysis of the regulatory changes induced by miR-223 in a monocyte/macrophage cell line. Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis. 2018 Aug;1864(8):2664-2678. doi: 10.1016/j.bbadis.2018.05.010.

  33. ***Rollet-Cohen, V., Bourderioux, M., Lipecka, J; Chhuon, C., Mesbahi M, Nguyen-Khoa, T; Guérin-Pfyffer, S.; Schmitt, A; Edelman, A; Sermet-Gaudelus, I, Guerrera, IC. (2018) Comparative proteomics of respiratory exosomes in Cystic Fibrosis, Primary Ciliary Dyskinesia and Asthma. J Proteomics. 2018 Aug 15;185:1-7. doi: 10.1016/j.jprot.2018.07.001

  34. Braun, D. A., Rao, J., Mollet, G., Schapiro, D., Daugeron, M.-C., Tan, W., Gribouval, O., Boyer, O., Revy, P., Jobst-Schwan, T., Schmidt, J. M., Lawson, J. A., Schanze, D., Ashraf, S., Ullmann, J. F. P., Hoogstraten, C. A., Boddaert, N., Collinet, B., Martin, G., Liger, D., Lovric, S., Furlano, M., Guerrera, I. C., Sanchez-Ferras, O., Hu, J. F., Boschat, A.-C., Sanquer, S., Menten, B., Vergult, S., De Rocker, N., Airik, M., Hermle, T., Shril, S., Widmeier, E., Gee, H. Y., Choi, W.-I., Sadowski, C. E., Pabst, W. L., Warejko, J. K., Daga, A., Basta, T., Matejas, V., Scharmann, K., Kienast, S. D., Behnam, B., Beeson, B., Begtrup, A., Bruce, M., Ch’ng, G.-S., Lin, S.-P., Chang, J.-H., Chen, C.-H., Cho, M. T., Gaffney, P. M., Gipson, P. E., Hsu, C.-H., Kari, J. A., Ke, Y.-Y., Kiraly-Borri, C., Lai, W.-M., Lemyre, E., Littlejohn, R. O., Masri, A., Moghtaderi, M., Nakamura, K., Ozaltin, F., Praet, M., Prasad, C., Prytula, A., Roeder, E. R., Rump, P., Schnur, R. E., Shiihara, T., Sinha, M. D., Soliman, N. A., Soulami, K., Sweetser, D. A., Tsai, W.-H., Tsai, J.-D., Topaloglu, R., Vester, U., Viskochil, D. H., Vatanavicharn, N., Waxler, J. L., Wierenga, K. J., Wolf, M. T. F., Wong, S.-N., Leidel, S. A., Truglio, G., Dedon, P. C., Poduri, A., Mane, S., Lifton, R. P., Bouchard, M., Kannu, P., Chitayat, D., Magen, D., Callewaert, B., van Tilbeurgh, H., Zenker, M., Antignac, C., and Hildebrandt, F. (2017) Mutations in KEOPS-complex genes cause nephrotic syndrome with primary microcephaly. Nat. Genet. 49, 1529–1538

  35. Duriez, M., Mandouri, Y., Lekbaby, B., Wang, H., Schnuriger, A., Redelsperger, F., Guerrera, C. I., Lefevre, M., Fauveau, V., Ahodantin, J., Quetier, I., Chhuon, C., Gourari, S., Boissonnas, A., Gill, U., Kennedy, P., Debzi, N., Sitterlin, D., Maini, M. K., Kremsdorf, D., and Soussan, P. (2017) Alternative splicing of hepatitis B virus: A novel virus/host interaction altering liver immunity. J. Hepatol. 67, 687–699

  36. Gomez-Zepeda, D., Chaves, C., Taghi, M., Sergent, P., Liu, W.-Q., Chhuon, C., Vidal, M., Picard, M., Thioulouse, E., Broutin, I., Guerrera, I.C., Scherrmann, J.-M., Parmentier, Y., Decleves, X., and Menet, M.-C. (2017) Targeted unlabeled multiple reaction monitoring analysis of cell markers for the study of sample heterogeneity in isolated rat brain cortical microvessels. J. Neurochem. 142, 597–609

  37. Sicot, G., Servais, L., Dinca, D. M., Leroy, A., Prigogine, C., Medja, F., Braz, S. O., Huguet-Lachon, A., Chhuon, C., Nicole, A., Gueriba, N., Oliveira, R., Dan, B., Furling, D., Swanson, M. S., Guerrera, I. C., Cheron, G., Gourdon, G., and Gomes-Pereira, M. (2017) Downregulation of the Glial GLT1 Glutamate Transporter and Purkinje Cell Dysfunction in a Mouse Model of Myotonic Dystrophy. Cell Rep 19, 2718–2729

  38. ***Nevo, N., Thomas, L., Chhuon, C., Andrzejewska, Z., Lipecka, J., Guillonneau, F., Bailleux, A., Edelman, A., Antignac, C., and Guerrera, I. C. (2017) Impact of Cystinosin Glycosylation on Protein Stability by Differential Dynamic Stable Isotope Labeling by Amino Acids in Cell Culture (SILAC). Mol. Cell Proteomics 16, 457–468

  39. Ziveri, J., Tros, F., Guerrera, I. C., Chhuon, C., Audry, M., Dupuis, M., Barel, M., Korniotis, S., Fillatreau, S., Gales, L., Cahoreau, E., and Charbit, A. (2017) The metabolic enzyme fructose-1,6-bisphosphate aldolase acts as a transcriptional regulator in pathogenic Francisella. Nat Commun 8, 85

  40. Meijer, B. M., Jang, S. M., Guerrera, I. C., Chhuon, C., Lipecka, J., Reisacher, C., Baleux, F., Sansonetti, P. J., Muchardt, C., and Arbibe, L. (2017) Threonine eliminylation by bacterial phosphothreonine lyases rapidly causes cross-linking of mitogen-activated protein kinase (MAPK) in live cells. J. Biol. Chem. 292, 7784–7794

  41. ***Chhuon, C., Pranke, I., Borot, F., Tondelier, D., Lipecka, J., Fritsch, J., Chanson, M., Edelman, A., Ollero, M., and Guerrera, I. C. (2016) Dataset of differential lipid raft and global proteomes of SILAC-labeled cystic fibrosis cells upon TNF -α stimulation. Data Brief 9, 51–56

  42. ***Chhuon, C., Pranke, I., Borot, F., Tondelier, D., Lipecka, J., Fritsch, J., Chanson, M., Edelman, A., Ollero, M., and Guerrera, I. C. (2016) Changes in lipid raft proteome upon TNF-α stimulation of cystic fibrosis cells. J Proteomics 145, 246–253

  43. ***Lipecka, J., Chhuon, C., Bourderioux, M., Bessard, M.-A., van Endert, P., Edelman, A., and Guerrera, I. C. (2016) Sensitivity of mass spectrometry analysis depends on the shape of the filtration unit used for filter aided sample preparation (FASP). Proteomics 16, 1852–1857

  44. ***Andrzejewska, Z., Nevo, N., Thomas, L., Chhuon, C., Bailleux, A., Chauvet, V., Courtoy, P. J., Chol, M., Guerrera, I. C., and Antignac, C. (2015) Cystinosin is a Component of the Vacuolar H+-ATPase-Ragulator-Rag Complex Controlling Mammalian Target of Rapamycin Complex 1 Signaling. J. Am. Soc. Nephrol.,

  45. Aoufouchi, S., De Smet, A., Delbos, F., Gelot, C., Guerrera, I. C., Weill, J.-C., and Reynaud, C.-A. (2015) 129-Derived Mouse Strains Express an Unstable but Catalytically Active DNA Polymerase Iota Variant. Mol. Cell. Biol. 35, 3059–3070

  46. Ramond, E., Gesbert, G., Guerrera, I. C., Chhuon, C., Dupuis, M., Rigard, M., Henry, T., Barel, M., and Charbit, A. (2015) Importance of host cell arginine uptake in Francisella phagosomal escape and ribosomal protein amounts. Mol. Cell Proteomics 14, 870–881

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